作物杂志,2016, 第3期: 171–174 doi: 10.16035/j.issn.1001-7283.2016.03.032

• 简报 • 上一篇    

白姜转录组中的SSR位点信息分析

邹勇1,2,黄科1,2,姜玉松1,2,刘奕清1,2   

  1. 1重庆文理学院特色植物研究院,402160,重庆
    2重庆市特色植物种苗工程技术研究中心,402160,重庆
  • 收稿日期:2016-02-24 修回日期:2016-04-25 出版日期:2016-06-15 发布日期:2018-08-26
  • 通讯作者: 刘奕清
  • 作者简介:邹勇,讲师,主要从事经济作物培育与利用研究
  • 基金资助:
    重庆市基础与前言研究计划项目(cstc2015jcyjA80004);重庆市教委科学技术研究项目(KJ131214);重庆文理学院引进人才项目(R2012LS03)

SSR Information in Transcriptome of White Ginger (Zingiber officinale Roscoe)

Zou Yong1,2,Huang Ke1,2,Jiang Yusong1,2,Liu Yiqing1,2   

  1. 1Forestry and Life Sciences,Chongqing University of Sciences and Arts,Chongqing 402160,China
    2Engineering Research Center for Special Plant Seedlings of Chongqing,Chongqing 402160,China
  • Received:2016-02-24 Revised:2016-04-25 Online:2016-06-15 Published:2018-08-26
  • Contact: Yiqing Liu

摘要:

利用Trinity软件对白姜转录组进行de novo组装,CAP3软件对组装的contig拼接删选;MISA工具对unigene进行SSR检索。从153 724条unigene中共发现16 593个SSR,分布在14 436条unigene序列中,出现频率为9.39%,平均每9.26kb含有1个SSR位点。其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大,分别为37.59%和45.24%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,占22.47%和11.79%。基序长度主要分布于12~20bp,占总数的85.06%。研究结果表明,白姜SSR位点频率、密度较高,类型多样,在生姜分子标记辅助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能。

关键词: 生姜, 转录组, SSR, 位点信息

Abstract:

The Trinity software was applied in de novo transcriptome assembly of the white giner (Zingiber officinale Roscoe). The redundant contigs were filtered and removed by the CAP3 software. Meanwhile, the non-redundant unigenes were examined by the tool of MISA to detect SSRs. Finally, 16 593 SSRs were found, and these SSRs were distributed in 14 436 unigenes in the examined sequences. Frequency of occurrences for SSRs was 9.39%, and density of distribution was on average 1/9.26kb. The most abundant type of repeat motif was dinucleotide (37.59%) and trinucleotide (45.24%).The most frequent motifs in dinucleotide and trinucleotide were AG/CT (22.47%) and AGG/CCT (11.79%). 85.06% motifs in the length ranged from 12bp to 20bp. The SSR sites in the transcriptome of white giner had high frequency of occurrences, high density, and various types. These data might be applied in the study on marker-assisted selection, genetic diversity of Zingiber officinale Roscoe.

Key words: Zingiber officinale Roscoe, Transcriptome, SSR, Information of loci

表1

白姜转录组中SSR分布频率和密度"

重复类型
Type of repeat
SSR数量
Number of SSRs
比例(%)
Rate
平均长度(bp)
Average length
平均分布距离(kb)
Average distance
频率(%)
Frequency
二核苷酸Dinucleotide 6 237 37.59 15.07 28.87 4.06
三核苷酸Trinucleotide 7 507 45.24 16.70 23.98 4.88
四核苷酸Tetranucleotide 1 656 9.98 17.23 108.73 1.08
五核苷酸Pentanucleotide 739 4.45 20.60 243.66 0.48
六核苷酸Hexanucleotide 454 2.74 25.12 396.61 0.30
合计Total 16 593 100 18.94 9.26 10.79

图1

白姜转录组中SSR主要基元分布频率"

表2

白姜转录组中不同重复次数的SSR数量"

基序长度(bp) SSR重复次数Number of SSR repeats
4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
2 - - 2183 1421 937 829 576 269 9 4 9 - - -
3 - 4448 1969 1035 47 - 3 1 2 - - - - 2
4 1239 355 43 17 1 - - - - - - - - -
5 658 74 6 1 - - - - - - - - - -
6 411 21 8 9 4 - 1 - - - - - - -
总计 2308 4898 4209 2483 989 829 580 270 11 5 9 - - 2
比例(%) 13.91 29.52 25.37 14.96 5.96 5.00 3.50 1.63 0.07 0.03 0.05 0 0 0.01

图2

白姜转录组中SSR基序长度分布频率"

[1] Zhang X H, Liu T J, Li X X , et al. Interspecific hybridization,polyploidization,and backcross of Brassica oleracea var.alboglabra with B.rapa var.purpurea morphologically recapitulate the evolution of Brassica vegetables. Scientific Reports, 2016,6:18618.
doi: 10.1038/srep18618
[2] 胡建斌, 刘颖, 王兰菊 , 等. 甜瓜EST序列中微卫星的分布特征. 植物生理学通讯, 2009,45(3):258-262.
[3] Wang J Y, Liang Y L, Hai M R , et al. Genome-Wide transcriptional excavation of Dipsacus asperoides unmasked both cryptic asperosaponin biosynthetic genes and SSR markers. Frontiers in Plant Science, 2016,7:339.
[4] 张庆田, 李晓艳, 杨义明 , 等. 蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 园艺学报, 2016,43(3):557-563.
doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0659
[5] 段紫英, 胡丽芳, 黄长干 , 等. 黄瓜EST中SSR的分布特征分析. 广东农业科学, 2012,39(22):160-162.
doi: 10.3969/j.issn.1004-874X.2012.22.052
[6] 李满堂, 张仕林, 邓鹏 , 等. 洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究. 园艺学报, 2015,42(6):1103-1111.
doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0046
[7] 李炎林, 杨星星, 张家银 , 等. 南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究. 园艺学报, 2014,41(4):735-745.
[8] 张得芳, 李淑娴, 夏涛 .蔷薇科6个属植物EST-SSR特征分析.植物研究,2014(6):810-815.
[9] 王森, 张震, 姜倪皓 , 等.半夏转录组中的SSR位点信息分析.中药材,2014(9):1566-1569.
doi: 10.13863/j.issn1001-4454.2014.09.015
[10] 鄢秀芹, 鲁敏, 安华明 . 刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 园艺学报, 2015,42(2):341-349.
doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2014-0882
[11] 程小毛, 宗媛媛, 黄晓霞 .挪威云杉EST资源的SSR信息分析.现代农业科技,2011(8):185-186.
[12] 伍宝朵, 郝朝运, 范睿 , 等. 胡椒EST-SSR标记的开发和应用. 热带作物学报, 2015,36(2):237-243.
doi: 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.02.004
[13] 黄益洪, 张强, 张大勇 , 等. 海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发. 江苏农业学报, 2013,29(6):1271-1277.
[1] 唐丽媛 李兴河 张素君 王海涛 刘存敬 张香云 张建宏. 陆地棉光合相关性状的QTL 定位分析[J]. 作物杂志, 2018, (5): 85–90
[2] 田荟遥,蒋继志,李成斌,申芬,侯宁. 中国东北地区马铃薯致病疫霉遗传多样性分析[J]. 作物杂志, 2018, (3): 168–173
[3] 李锐,白建荣,王秀红,张丛卓,张效梅,闫蕾,杨瑞娟. 144份甜玉米群体的遗传多样性分析[J]. 作物杂志, 2018, (2): 17–24
[4] 张帅,庞玉辉,王征宏,王黎明,陈春燕,曾占奎,王春平. 小麦种质资源农艺性状变异及其遗传多样性分析[J]. 作物杂志, 2018, (2): 44–51
[5] 陆姗姗,吴承来,李岩,张春庆. 玉米自交系性状保持和纯化的分子依据[J]. 作物杂志, 2018, (1): 41–48
[6] 刘丽华,苑少华,冯树英,庞斌双,李宏博,刘阳娜,张立平,赵昌平. 小麦F型雄性不育系和恢复系SSR指纹图谱构建及遗传差异分析[J]. 作物杂志, 2017, (6): 30–36
[7] 台莲梅,左豫虎,张亚玲,金永玲,郭永霞,靳学慧,金光辉. 黑龙江省马铃薯早疫病菌遗传多样性分析[J]. 作物杂志, 2017, (3): 151–156
[8] 刘丽华,庞斌双,李宏博,刘阳娜,福德平,王娜,赵昌平. 2009-2015年北京市冬小麦区域试验品系的DNA指纹分析[J]. 作物杂志, 2016, (5): 13–18
[9] 张素君,唐丽媛,刘存敬,江振兴,迟吉娜,田海燕,李兴河,张建宏,张香云. 利用SSR标记对海岛棉纤维品质关联分析初探[J]. 作物杂志, 2016, (4): 93–100
[10] 李锐, 白建荣, 程宇坤, 等. 山西省审定玉米品种亲本自交系的遗传多样性及杂优类群分析[J]. 作物杂志, 2015, (5): 55–62
[11] 冯艳芳, 曲延英, 耿洪伟, 等. 20份棉花品种DNA指纹图谱的构建[J]. 作物杂志, 2015, (3): 64–69
[12] 赵久然, 王凤格, 易红梅, 等. 我国玉米品种标准DNA指纹库构建研究及应用进展[J]. 作物杂志, 2015, (2): 1–6
[13] 胡景涛, 严明建, 黄成志, 等. SSR标记在杂交水稻亲本技术鉴定中的应用[J]. 作物杂志, 2014, (6): 61–64
[14] 王银月, 刘敏轩, 陆平, 等. 构建黍授分子遗传图谱ssR引物的筛选[J]. 作物杂志, 2014, (4): 32–38
[15] 瞿朋艳, 李耀华, 高捷, 等. 甜玉米自交系含糖量的测定及甜质等位基因的分子标记检测[J]. 作物杂志, 2014, (4): 48–52
Viewed
Full text


Abstract

Cited

  Shared   
  Discussed   
[1] 赵广才,常旭虹,王德梅,陶志强,王艳杰,杨玉双,朱英杰. 小麦生产概况及其发展[J]. 作物杂志, 2018, (4): 1 –7 .
[2] 权宝全,白冬梅,田跃霞,薛云云. 不同源库关系对花生光合特性及产量的影响[J]. 作物杂志, 2018, (4): 102 –105 .
[3] 黄学芳,黄明镜,刘化涛,赵聪,王娟玲. 覆膜穴播条件下降水年型和群体密度对张杂谷5号分蘖成穗及产量的影响[J]. 作物杂志, 2018, (4): 106 –113 .
[4] 黄文辉, 王会, 梅德圣. 农作物抗倒性研究进展[J]. 作物杂志, 2018, (4): 13 –19 .
[5] 赵云,徐彩龙,杨旭,李素真,周静,李继存,韩天富,吴存祥. 不同播种方式对麦茬夏大豆保苗和生产效益的影响[J]. 作物杂志, 2018, (4): 114 –120 .
[6] 陆梅,孙敏,任爱霞,雷妙妙,薛玲珠,高志强. 喷施叶面肥对旱地小麦生长的影响及与产量的关系[J]. 作物杂志, 2018, (4): 121 –125 .
[7] 王晓飞,徐海军,郭梦桥,肖宇,程薪宇,刘淑霞,关向军,吴耀坤,赵伟华,魏国江. 播期、密度及施肥对寒地油用型紫苏产量的影响[J]. 作物杂志, 2018, (4): 126 –130 .
[8] 朱鹏锦,庞新华,梁春,谭秦亮,严霖,周全光,欧克维. 低温胁迫对甘蔗幼苗活性氧代谢和抗氧化酶的影响[J]. 作物杂志, 2018, (4): 131 –137 .
[9] 高杰,李青风,彭秋,焦晓燕,王劲松. 不同养分配比对糯高粱物质生产及氮磷钾利用效率的影响[J]. 作物杂志, 2018, (4): 138 –142 .
[10] 商娜,杨中旭,李秋芝,尹会会,王士红,李海涛,李彤,张晗. 鲁西地区常规棉聊棉6号留叶枝栽培的适宜密度研究[J]. 作物杂志, 2018, (4): 143 –148 .