云南哈尼梯田红米地方品种遗传多样性分析

doi:10.16035/j.issn.1001-7283.2018.05.004

云南哈尼梯田红米地方品种遗传多样性分析

马孟莉, 郑云, 周晓梅, 张婷婷, 张晓倩, 卢丙越

红河学院生命科学与技术学院/云南省高校农作物优质高效栽培与安全控制重点实验室,661100,云南蒙自

Genetic Diversity Analysis of Red Rice from Hani’s Terraced Fields in Yunnan Province

Ma Mengli, Zheng Yun, Zhou Xiaomei, Zhang Tingting, Zhang Xiaoqian, Lu Bingyue

College of Life Science and Technology/Key Laboratory of Crop High Quality and Efficient Cultivation and Security Control of College in Yunnan Province, Honghe University, Mengzi 661100, Yunnan, China

通讯作者: 卢丙越为通信作者,副教授,主要从事水稻遗传育种研究

收稿日期: 2018-04-13 修回日期: 2018-07-12 网络出版日期: 2018-10-15

基金资助:

云南省应用基础研究计划项目.  2013FZ124
云南省教育厅科学研究基金.  2013Y066
红河学院中青年学术骨干培养计划.  2014GG0101

Received: 2018-04-13 Revised: 2018-07-12 Online: 2018-10-15

作者简介 About authors

马孟莉,讲师,主要从事精确农业方面的研究。

摘要

云南元阳哈尼梯田有丰富的水稻品种,特别是红米资源。本研究利用均匀分布于水稻基因组的100对简单序列重复（SSR）标记分析元阳哈尼梯田60份红米地方品种遗传多样性。100对SSR引物共扩增条带477个,平均每对引物扩增4.770个条带;有效等位基因数（Ne）从1.035~6.000,平均为2.518;香农多样性指数（I）为0.086~1.912,平均为1.016;多态性信息含量（PIC）范围为0.064~0.838,平均为0.519;基因杂合度（H）从0到0.950,平均为0.167;聚类分析可将60个红米品种分为两大类,第一类为籼稻亚种,包括57个水稻品种,第二类只有3个品种,为粳稻亚种。研究表明云南哈尼梯田水稻红米品种具有丰富的遗传多样性。

关键词： 哈尼梯田 ; 水稻 ; 红米 ; 地方品种 ; 遗传多样性

Abstract

There are abundant rice landraces in Hani’s terraces fields of Yunnan, especially red rice resources. A set of 60 red rice landraces were characterized using 100 simple sequence repeat (SSR) markers to study genetic diversity. A total of 477 fragments were amplified, averaging 4.770 alleles per primer pair. Effective number of alleles (Ne) ranged from 1.035 to 6.000 with an average of 2.518. Shannon's information index (I) ranged from 0.086 to 1.912 with an average of 1.016. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.064 to 0.838 with an average of 0.519. Heterozygosity (H) was estimated as 0.167. Cluster analysis showed that all genotypes grouped into two major clusters. Subspecies of indica rice clusters included 57 rice landraces as main rice cultivation types. Subspecies of japonica only contained 3 rice landraces. The results showed that these rice landraces had a wide genetic diversity.

Keywords： Hani’s terraces fields; ; Rice ; Red rice ; Landraces ; Genetic diversity

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本文引用格式

马孟莉, 郑云, 周晓梅, 张婷婷, 张晓倩, 卢丙越. 云南哈尼梯田红米地方品种遗传多样性分析[J]. 作物杂志, 2018, 34(5): 21-26 doi:10.16035/j.issn.1001-7283.2018.05.004

Ma Mengli, Zheng Yun, Zhou Xiaomei, Zhang Tingting, Zhang Xiaoqian, Lu Bingyue. Genetic Diversity Analysis of Red Rice from Hani’s Terraced Fields in Yunnan Province[J]. Crops, 2018, 34(5): 21-26 doi:10.16035/j.issn.1001-7283.2018.05.004

水稻（Oryza sativa L.）是世界上主要的粮食作物之一,尤其在亚洲地区。遗传多样性是水稻遗传改良的重要基础,云南省是世界公认的栽培稻的起源中心之一,是中国最大的水稻种质资源遗传和生态多样性中心^[1],其中的哈尼梯田至今仍保留着大量的水稻地方品种。元阳哈尼梯田位于北纬22°49'到23°19',东经102°27'到103°13'。这一地区的年平均日照1 670h,平均气温在15.4℃左右,环境条件适宜水稻种植。哈尼族人居住在海拔1 400~2 000m的山坡上,稻作历史超过1 500年,丰富多样的水稻品种在那里繁衍^[2,3]。随着生活水平的提高,稻米营养价值越来越受到人们的关注^[4]。哈尼族自古以来就认为传统红米品种营养价值更高,食用红米可使身体更加健康,最近的研究表明红米在抗氧化能力和营养品质方面较白米更好^[5,6]。

简单序列重复（SSR）标记已被广泛用于水稻、小麦、玉米等作物的遗传多样性研究^[7,8,9]。之前的研究表明水稻野生近缘种的遗传多样性最高,其次是地方品种,而育成品种的遗传多样性最低,且籼稻的遗传多样性高于粳稻^[10,11]。近年来,已有研究人员利用SSR标记分析云南水稻的遗传多样性^{[12,13,14,15,16,17]},但针对哈尼梯田水稻红米资源遗传多样性的研究鲜有报道。因此,利用SSR标记对云南元阳哈尼梯田60份水稻红米地方品种的遗传多样性水平进行评估,为红米种质资源保护及育种利用提供参考。

1 材料与方法

1.1 水稻品种来源

本研究所用的60份红米地方品种由云南省元阳县种子管理站提供,品种收集地见表1。

表1 本研究所用红米品种编号、名称和采集地

Table 1 Code, name and collecting place of red rice landraces

编号 Code	名称 Name	采集地 Collection place	编号 Code	名称 Name	采集地 Collection place	编号 Code	名称 Name	采集地 Collection place
1	独苗谷	上新城	21	古填车	未知	41	车福	新街镇
2	安兴谷	黄茅岭	22	绿脚谷	新街镇	42	甲谷	未知
3	容忍车	牛角寨	23	本地红谷	上新城	43	称尼	未知
4	容忍人车	牛角寨	24	老品种	攀枝花	44	老粳红米	黄草岭
5	车玛欧正	未知	25	大龙谷	俄扎乡	45	石欧迁	黄草岭
6	红谷糯	上新城	26	龙山岭谷	新街镇	46	车你龙格	黄草岭
7	高山红谷	上新城	27	丫多谷	新街镇	47	合林谷	俄扎乡
8	罗格	牛角寨	28	车努	胜村乡	48	伍普车你	俄扎乡
9	白脚老粳	新街镇	29	建水谷	新街镇	49	啊喷喷车	黄草岭
10	车满车	牛角寨	30	花矮谷	新街镇	50	红谷	大坪乡
11	车那	未知	31	花谷	胜村乡	51	杂交糯谷	未知
12	毛车	牛角寨	32	车那	新街镇	52	六月谷	新街镇
13	编号3	小新街	33	高山红谷	未知	53	老母鸡谷	上新城
14	老品种红米	攀枝花	34	毛车	新街镇	54	红糯谷	沙拉托乡
15	花谷	黄茅岭	35	爱者然车	新街镇	55	杂交红谷	未知
16	太阳谷	上新城	36	厕所谷	大坪乡	56	水旱稻	黄茅岭
17	尹谷	新街镇	37	卖抽	俄扎乡	57	红谷	大坪乡
18	车脚脚儿	未知	38	红谷	嘎娘乡	58	车染	新街镇
19	泼行谷	小新街	39	坡竹谷	未知	59	车甲谷	新街镇
20	本地红谷	未知	40	称科	未知	60	月亮谷	新街镇

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1.2 DNA提取和PCR扩增

试验于2017年在红河学院云南省农作物优质高效栽培与安全控制重点实验室进行。在水稻分蘖期采集新鲜幼嫩叶片用于基因组DNA提取,DNA提取采用CTAB法,用分光光度法检测DNA浓度并用1%的琼脂糖凝胶电泳检测提取DNA的质量,最后将DNA稀释成20ng/μL的工作溶液备用。100对均匀分布于水稻染色体的SSR引物序列来自Gramene数据库（www.gramene.org）,引物由生工生物工程（上海）股份有限公司合成,SSR引物所在染色体情况见表2。PCR反应体系为：每10μL反应物含有10ng模板DNA、0.2μM引物、2.5mM dNTP、1.2μL 10×PCR buffer、25mM MgCl₂和0.5U rTaq DNA聚合酶（上海生工）。PCR扩增程序：95℃预变性5min;然后是按照95℃ 30s、55℃~58℃ 30s、72℃ 30s进行30个循环;循环结束后72℃延伸8min,4℃保温。扩增产物用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分离,并通过1%的硝酸银染色^[18],在垩白观测仪上观察记录。

表2 本研究所用的100对SSR引物

Table 2 100 pairs of SSR primers used in this study

引物 Primer	染色体 Chromosome	引物 Primer	染色体 Chromosome	引物 Primer	染色体 Chromosome	引物 Primer	染色体 Chromosome	引物 Primer	染色体 Chromosome
RM495	1	RM208	2	RM348	4	RM505	7	RM467	10
RM84	1	RM138	2	RM127	4	RM478	7	RM258	10
RM583	1	RM60	3	RM122	5	RM248	7	RM294	10
RM23	1	RM175	3	RM593	5	RM506	8	RM147	10
RM9	1	RM36	3	RM169	5	RM6863	8	RM496	10
RM246	1	RM218	3	RM163	5	RM4085	8	RM286	11
RM5501	1	RM282	3	RM7415	5	RM25	8	RM7557	11
RM297	1	RM7097	3	RM480	5	RM339	8	RM332	11
RM472	1	RM16	3	RM540	6	RM419	8	RM167	11
RM14	1	RM319	3	RM204	6	RM80	8	RM287	11
RM109	2	RM168	3	RM136	6	RM281	8	RM21	11
RM8	2	RM293	3	RM3	6	RM444	9	RM206	11
RM7288	2	RM570	3	RM8239	6	RM342	9	RM224	11
RM4499	2	RM307	4	RM275	6	RM105	9	RM20	12
RM8254	2	RM335	4	RM30	6	RM6854	9	RM19	12
RM475	2	RM261	4	RM412	6	RM553	9	RM512	12
RM1385	2	RM471	4	RM481	7	OSR28	9	RM519	12
RM263	2	RM564	4	RM125	7	RM215	9	RM7102	12
RM221	2	RM273	4	RM346	7	RM5095	10	RM235	12
RM240	2	RM303	4	RM336	7	RM311	10	RM17	12

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1.3 数据分析

统计SSR电泳的多态性条带,在相同迁移位置上有条带记为“1”,无条带记为“0”,利用Excel软件统计整理数据。利用POPGENE 1.32 软件计算每对引物的观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）和香农多样性指数（I）^[19];用PowerMarker V3.25计算每对引物的多态性信息含量（PIC）及基因杂合度（H）^[20]。采用NTSYS-pc版本2.10e软件进行品种间的聚类分析^[21]。

2 结果与分析

2.1 遗传多样性分析

利用SSR标记对云南元阳哈尼梯田60份水稻红米资源进行遗传多样性分析,结果（表3）表明,100对SSR共检测到477个等位基因,每对引物观测等位基因数（Na）2~11个,平均为4.770个。在所选标记中,RM481、RM297和RM335产生的等位基因数最多,分别为11、10和10个;而RM495、RM4499、RM221、RM208、RM60、RM293、RM127、RM8239、RM505、RM419和RM7557产生的等位基因数量最少,均为2个;有效等位基因数（Ne）从1.035（RM4499）到6.000（RM444）,平均为2.518个;香农多样性指数（I）从0.086（RM4499）到1.912（RM444）,平均为1.016;多态性信息含量（PIC）值变化范围从0.064（RM4499）至0.838（RM444）,平均为0.519;本研究中100对SSR引物的基因杂合度（H）平均为0.167,其中基因杂合度H最高的为0.950（RM175）,而RM495、RM4499、RM1385、RM138、RM282、RM16、RM319、RM564、RM273、RM593、RM8239、RM419、RM6854、RM467、RM258、RM147、RM496、RM7557和RM512等19对引物的基因杂合度为0。

表3 基于SSR标记的哈尼梯田红米遗传多样性参数

Table 3 Genetic diversity parameters of red rice in Hani′s terraced fields based on SSR markers

引物Primer	Na	Ne	I	PIC	H
RM495	2	1.142	0.245	0.117	0.000
RM84	5	3.575	1.369	0.740	0.083
RM583	6	4.132	1.557	0.731	0.067
RM23	8	4.345	1.636	0.733	0.167
RM9	4	2.029	0.960	0.485	0.017
RM246	4	2.665	1.100	0.550	0.133
RM5501	6	3.080	1.284	0.696	0.267
RM297	10	3.024	1.526	0.685	0.833
RM472	4	3.255	1.261	0.662	0.100
RM14	7	5.333	1.790	0.822	0.533
RM109	3	1.479	0.599	0.294	0.017
RM8	4	2.100	0.864	0.431	0.167
RM7288	9	3.189	1.446	0.695	0.150
RM4499	2	1.035	0.086	0.064	0.000
RM8254	8	3.867	1.619	0.732	0.817
RM475	4	1.276	0.463	0.231	0.033
RM1385	3	1.108	0.233	0.124	0.000
RM263	6	3.862	1.481	0.718	0.133
引物Primer	Na	Ne	I	PIC	H
RM221	2	1.258	0.359	0.281	0.117
RM240	6	2.001	1.043	0.469	0.100
RM208	2	1.984	0.689	0.477	0.067
RM138	3	1.189	0.347	0.180	0.000
RM60	2	1.457	0.493	0.290	0.083
RM175	4	2.204	0.890	0.444	0.950
RM36	5	2.090	1.026	0.502	0.100
RM218	4	2.063	0.862	0.487	0.133
RM282	4	2.118	0.992	0.485	0.000
RM7097	4	1.804	0.871	0.415	0.050
RM16	4	1.644	0.736	0.396	0.000
RM319	3	1.515	0.603	0.347	0.000
RM168	4	1.737	0.837	0.396	0.017
RM293	2	1.977	0.687	0.476	0.083
RM570	5	3.105	1.267	0.619	0.133
RM307	5	3.536	1.408	0.746	0.150
RM335	10	4.285	1.769	0.781	0.717
RM261	3	1.655	0.639	0.353	0.050
RM471	4	2.378	1.025	0.506	0.083
RM564	5	2.159	0.970	0.502	0.000
RM273	3	1.145	0.291	0.123	0.000
RM303	5	3.317	1.339	0.692	0.033
RM348	3	1.203	0.350	0.159	0.017
RM127	2	1.392	0.455	0.268	0.033
RM122	3	2.174	0.898	0.623	0.100
RM593	4	3.243	1.234	0.630	0.000
RM169	4	2.843	1.150	0.626	0.117
RM163	5	1.502	0.693	0.334	0.033
RM7415	3	2.027	0.735	0.432	0.833
RM480	5	1.697	0.850	0.408	0.083
RM540	5	2.554	1.202	0.622	0.200
RM204	8	2.495	1.289	0.607	0.050
RM136	3	1.504	0.613	0.303	0.067
RM3	5	2.304	1.050	0.625	0.033
RM8239	2	1.162	0.268	0.291	0.000
RM275	6	2.866	1.243	0.611	0.050
RM30	3	2.120	0.902	0.469	0.733
RM412	3	2.018	0.831	0.428	0.100
RM481	11	3.509	1.693	0.744	0.850
RM125	5	1.466	0.666	0.297	0.033
RM346	5	2.302	0.969	0.517	0.067
RM336	6	3.600	1.404	0.671	0.117
RM505	2	1.997	0.693	0.495	0.867
RM478	3	2.781	1.057	0.565	0.117
RM248	7	4.622	1.662	0.798	0.067
RM506	5	2.687	1.141	0.601	0.033
RM6863	3	2.085	0.843	0.587	0.083
RM4085	4	1.788	0.777	0.423	0.150
RM25	6	2.273	1.129	0.521	0.050
RM339	8	3.561	1.573	0.730	0.083
RM419	2	1.145	0.248	0.147	0.000
引物Primer	Na	Ne	I	PIC	H
RM80	8	5.093	1.778	0.792	0.183
RM281	5	2.531	1.109	0.580	0.017
RM444	9	6.000	1.912	0.838	0.067
RM342	5	3.057	1.261	0.642	0.200
RM105	7	2.128	1.138	0.545	0.033
RM6854	3	1.972	0.818	0.420	0.000
RM553	5	2.086	1.013	0.529	0.117
OSR28	9	2.520	1.367	0.645	0.100
RM215	3	2.910	1.083	0.626	0.083
RM5095	8	5.463	1.864	0.826	0.050
RM311	7	4.517	1.604	0.783	0.883
RM467	4	1.258	0.461	0.328	0.000
RM258	5	2.253	1.081	0.573	0.000
RM294	3	2.203	0.857	0.442	0.900
RM147	3	1.472	0.610	0.321	0.000
RM496	4	1.723	0.726	0.470	0.000
RM286	5	2.987	1.263	0.624	0.050
RM7557	2	1.107	0.201	0.121	0.000
RM332	4	2.638	1.103	0.566	0.067
RM167	3	1.364	0.508	0.270	0.100
RM287	5	2.797	1.219	0.605	0.117
RM21	6	2.718	1.352	0.660	0.200
RM206	8	5.052	1.831	0.814	0.067
RM224	3	2.009	0.842	0.521	0.033
RM20	6	2.855	1.263	0.687	0.750
RM19	6	2.483	1.069	0.591	0.017
RM512	3	2.018	0.788	0.407	0.000
RM519	5	2.910	1.259	0.644	0.067
RM7102	6	3.316	1.390	0.717	0.517
RM235	8	4.174	1.626	0.773	0.600
RM17	4	2.106	0.947	0.492	0.133
平均Average	4.770	2.518	1.016	0.519	0.167

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2.2 聚类分析

60份水稻红米地方品种的遗传相似系数为0.60~0.93,在相似性系数0.60处可将所有品种分为两大类,第一类（I）包括57个水稻地方品种,而第二类（II）只有3个品种,结合前期的表型鉴定,第I类为籼稻亚种,第II类为粳稻亚种;以遗传相似系数0.73为阈值,第I类可分为IA和IB两亚群,亚群IA由56个水稻地方品种组成,而亚群IB只包含1个品种“红谷”;以遗传相似系数0.75为阈值,将IA可分为IA1（4个品种）和IA2（52个品种）两组,IA2可进一步的分为IA2-1和IA2-2两亚组,IA2-1由41个品种组成,IA2-2包括11个品种。在所有的品种中52号（六月谷）和56号（水旱稻）的遗传相似性系数最高,为0.933,此外53号（老母鸡谷）和55号（杂交红谷）、22号（绿脚谷）和25号（大龙谷）也具有较高的相似性（图1）。

图1

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图1 基于SSR标记哈尼梯田红米聚类.

Fig.1 Dendrogram of red rice in Hani′s terraces fields based on SSR markers

3 讨论

利用分子标记技术能够有效评价水稻品种间遗传多样性和亲缘关系,这对水稻种质资源的有效保护和利用至关重要^[22]。元阳哈尼梯田红米已有上百年的种植历史,在长期的栽培过程中,红米品种能够延续至今而不被淘汰,说明红米品种具有很强的适应性,品种间具有丰富的遗传变异^[23]。但近年来现代育成品种的大范围推广,导致传统地方品种种植面积逐渐减少,分析哈尼梯田红米遗传多样性可为红米资源保护和利用提供理论依据。本研究中,100对SSR标记共扩增出477个多态性条带,平均每对引物扩增4.770个条带,高于刘承晨等^[12]（2.161个）和高东等^[24]（3.9167个）对哈尼梯田水稻研究的结果,略低于徐福荣等^[16]（5.065~5.313个）和白秀红等^[17]（5.5个）的研究结果,较高的条带扩增数表明哈尼梯田红米具有丰富的遗传多样性。本研究所用SSR标记的平均PIC值（0.519）与徐福荣等^[16]用48对SSR标记分析哈尼梯田水稻地方品种遗传多样性的结果（平均PIC=0.652~0.660）接近,明显高于刘承晨等^[12]所选SSR标记的PIC值（0.256）,表明本研究所用的SSR标记更能体现哈尼梯田红米的遗传多样性情况。在100对SSR标记中,有52对引物的香农多样性指数（I）高于1.000,进一步说明哈尼梯田红米地方品种具有丰富的遗传多样性。较低的基因杂合度H（0.167）与水稻为自花授粉、基因型高度纯合的特性一致。

聚类分析可将60份水稻品种分为两大类,籼稻亚种（I）包含57个品种,而粳稻亚种（II）仅有3个品种,表明哈尼梯田红米以籼稻为主,与前人对哈尼梯田水稻研究的结果^[12-14,24]相似,通过树状图可见籼稻亚种中仍存在大量的遗传分化,可进一步分为多个亚群,遗传分化对哈尼梯田水稻品种适应当地不同的气候条件,经长期种植而不退化具有重要意义。本研究中也存在“同名异种”和“同种异名”现象,例如红谷（38号、50号、57号）、车那（11号、32号）、花谷（15号、31号）、本地红谷（20号、23号）、高山红谷（7号、33号）和毛车（12号、34号）虽然名称相同,但在聚类时并未被聚到一起,而像六月谷（52号）和水旱稻（56号）遗传相似性系数高达0.933,很可能为“同种异名”。出现这种现象的主要原因是元阳哈尼族人们普遍存在种子交换和品种轮换种植现象,在频繁的换种过程中形成了“异名同种”和“异种同名”现象^[25]。

The authors have declared that no competing interests exist.

作者已声明无竞争性利益关系。

参考文献

原文顺序

文献年度倒序

文中引用次数倒序

被引期刊影响因子

[1]

Zeng Y

, Zhang H

, Li Z

, et al.

Evaluation of genetic diversity of rice landraces (Oryza sativa L.) in Yunnan,China

Breeding Science, 2007,57(2):91-99.

DOI:10.1270/jsbbs.57.91 URL [本文引用: 1]

[2]

王清华

梯田文化论

昆明: 云南大学出版社, 1997.

[本文引用: 1]

[3]

徐福荣, 汤翠凤, 余腾琼 , 等.

中国云南元阳哈尼梯田种植的稻作品种多样性

生态学报, 2010,30(12):3346-3357.

[本文引用: 1]

[4]

Tan Y

, Li J

, Yu S

, et al.

The three important traits for cooking and eating quality of rice grains are controlled by a single locus in an elite rice hybrid,Shanyou 63

Theoretical and Applied Genetics, 1999,99(3-4):642-648.

DOI:10.1007/s001220051279 URL [本文引用: 1]

[5]

Gunaratne

, Wu

, Li

, et al.

Antioxidant activity and nutritional quality of traditional red-grained rice varieties containing proanthocyanidins

Food Chemistry, 2013,138(2):1153-1161.

DOI:10.1016/j.foodchem.2012.11.129 URL [本文引用: 1]

[6]

Sumczynski

, Kotásková

, Družbíková

, et al.

Determination of contents and antioxidant activity of free and bound phenolics compounds and in vitro digestibility of commercial black and red rice (Oryza sativa L.) varieties

Food Chemistry, 2016,211:339-346.

DOI:10.1016/j.foodchem.2016.05.081 URL [本文引用: 1]

[7]

McCouch S

, Chen

, Panaud

, et al.

Microsatellite marker development,mapping and applications in rice genetics and breeding

Plant Molecular Biology, 1997,35(1-2):89-99.

DOI:10.1023/A:1005711431474 URL [本文引用: 1]

[8]

张帅, 庞玉辉, 王征宏 , 等.

小麦种质资源农艺性状变异及其遗传多样性分析

作物杂志, 2018(2):44-51.

[本文引用: 1]

[9]

李锐, 白建荣, 王秀红 , 等.

144份甜玉米群体的遗传多样性分析

作物杂志, 2018(2):17-24.

[本文引用: 1]

[10]

Ram S

, Thiruvengadam

, Vinod K

Genetic diversity among cultivars,landraces and wild relatives of rice as revealed by microsatellite markers

Journal of Applied Genetics, 2007,48(4):337-345.

DOI:10.1007/BF03195230 URL [本文引用: 1]

[11]

Zhang L

, Cao G

, Han L

Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China

Rice Science, 2013,20(4):259-266.

DOI:10.1016/S1672-6308(13)60139-0 URL [本文引用: 1]

[12]

刘承晨, 赵富伟, 吴晓霞 , 等.

云南哈尼梯田当前栽培水稻遗传多样性及群体结构分析

中国水稻科学, 2015,29(1):28-34.

[本文引用: 4]

[13]

Zhang

, Sun

, Wang

, et al.

Genetic structure and phylogeography of rice landraces in Yunnan,China,revealed by SSR

Genome, 2006,50(1):72-83.

[本文引用: 1]

[14]

Zhu

, Wang

, Zhu

, et al.

Estimating genetic diversity of rice landraces from Yunnan by SSR assay and its implication for conservation

Acta Botanica Sinica, 2003,46(12):1458-1467.

[本文引用: 2]

[15]

, Lu B

, Zhu

, et al.

Abundant within-varietal genetic diversity in rice germplasm from Yunnan Province of China revealed by SSR fingerprints

Biochemical Genetics, 2007,45(11-12):789-801.

DOI:10.1007/s10528-007-9118-6 URL [本文引用: 1]

[16]

徐福荣, 董超, 杨文毅 , 等.

利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性

中国水稻科学, 2011,25(4):381-386.

[本文引用: 3]

[17]

白秀红, 高东, 余磊 , 等.

元阳梯田湿地水稻地方品种遗传多样性分析

分子植物育种(网络版), 2012(10):1017-1024.

[本文引用: 2]

[18]

Sanguinetti C

, Dias N

, Simpson

A J G

Rapid silver staining and recover of PCR products separated on polyacrylamide gels

Biotechnology, 1994,17:915-919.

[本文引用: 1]

[19]

Yeh F

, Yang

, Boyle

, et al.

POPGENE,version 1.32:the user friendly software for population genetic analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre,University of Alberta,Edmonton,AB,

Canada, 1999.

[本文引用: 1]

[20]

Liu

, Muse S

PowerMarker:an integrated analysis environment for genetic marker analysis

Bioinformatics, 2005,21(9):2128-2129.

DOI:10.1093/bioinformatics/bti282 URL [本文引用: 1]

[21]

Rohlf

NTSYS-pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Exeter Software:New York,NY,

USA, 2001.

[本文引用: 1]

[22]

, Chen

, Wang C

, et al.

Genetic diversity and structure of new inbred rice cultivars in China

Journal of Integrative Agriculture, 2012,11(10):1567-1573.

DOI:10.1016/S2095-3119(12)60159-2 URL [本文引用: 1]

[23]

朱有勇

元阳梯田红米稻作文化——一项亟待研究和保护的农业科学文化遗产

学术探索, 2009(3):14-15.

[本文引用: 1]

[24]

高东, 李锐, 杨木青 , 等.

元阳箐口村哈尼梯田水稻品种SSR遗传多样性分析

分子植物育种(网络版), 2011(9):1857-1863.

[本文引用: 2]

[25]

高东, 何霞红, 朱有勇 .

元阳水稻地方品种多样性变化及换种规律研究

植物遗传资源学报, 2011,12(2):311-313.

[本文引用: 1]

Evaluation of genetic diversity of rice landraces (Oryza sativa L.) in Yunnan,China

2007

... 水稻（Oryza sativa L.）是世界上主要的粮食作物之一,尤其在亚洲地区.遗传多样性是水稻遗传改良的重要基础,云南省是世界公认的栽培稻的起源中心之一,是中国最大的水稻种质资源遗传和生态多样性中心^[1],其中的哈尼梯田至今仍保留着大量的水稻地方品种.元阳哈尼梯田位于北纬22°49'到23°19',东经102°27'到103°13'.这一地区的年平均日照1 670h,平均气温在15.4℃左右,环境条件适宜水稻种植.哈尼族人居住在海拔1 400~2 000m的山坡上,稻作历史超过1 500年,丰富多样的水稻品种在那里繁衍^[2,3].随着生活水平的提高,稻米营养价值越来越受到人们的关注^[4].哈尼族自古以来就认为传统红米品种营养价值更高,食用红米可使身体更加健康,最近的研究表明红米在抗氧化能力和营养品质方面较白米更好^[5,6]. ...

梯田文化论

1997

中国云南元阳哈尼梯田种植的稻作品种多样性

2010

The three important traits for cooking and eating quality of rice grains are controlled by a single locus in an elite rice hybrid,Shanyou 63

1999

Antioxidant activity and nutritional quality of traditional red-grained rice varieties containing proanthocyanidins

2013

Determination of contents and antioxidant activity of free and bound phenolics compounds and in vitro digestibility of commercial black and red rice (Oryza sativa L.) varieties

2016

Microsatellite marker development,mapping and applications in rice genetics and breeding

1997

... 简单序列重复（SSR）标记已被广泛用于水稻、小麦、玉米等作物的遗传多样性研究^[7,8,9].之前的研究表明水稻野生近缘种的遗传多样性最高,其次是地方品种,而育成品种的遗传多样性最低,且籼稻的遗传多样性高于粳稻^[10,11].近年来,已有研究人员利用SSR标记分析云南水稻的遗传多样性^{[12,13,14,15,16,17]},但针对哈尼梯田水稻红米资源遗传多样性的研究鲜有报道.因此,利用SSR标记对云南元阳哈尼梯田60份水稻红米地方品种的遗传多样性水平进行评估,为红米种质资源保护及育种利用提供参考. ...

小麦种质资源农艺性状变异及其遗传多样性分析

2018

144份甜玉米群体的遗传多样性分析

2018

Genetic diversity among cultivars,landraces and wild relatives of rice as revealed by microsatellite markers

2007

Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China

2013

云南哈尼梯田当前栽培水稻遗传多样性及群体结构分析

2015

... 利用分子标记技术能够有效评价水稻品种间遗传多样性和亲缘关系,这对水稻种质资源的有效保护和利用至关重要^[22].元阳哈尼梯田红米已有上百年的种植历史,在长期的栽培过程中,红米品种能够延续至今而不被淘汰,说明红米品种具有很强的适应性,品种间具有丰富的遗传变异^[23].但近年来现代育成品种的大范围推广,导致传统地方品种种植面积逐渐减少,分析哈尼梯田红米遗传多样性可为红米资源保护和利用提供理论依据.本研究中,100对SSR标记共扩增出477个多态性条带,平均每对引物扩增4.770个条带,高于刘承晨等^[12]（2.161个）和高东等^[24]（3.9167个）对哈尼梯田水稻研究的结果,略低于徐福荣等^[16]（5.065~5.313个）和白秀红等^[17]（5.5个）的研究结果,较高的条带扩增数表明哈尼梯田红米具有丰富的遗传多样性.本研究所用SSR标记的平均PIC值（0.519）与徐福荣等^[16]用48对SSR标记分析哈尼梯田水稻地方品种遗传多样性的结果（平均PIC=0.652~0.660）接近,明显高于刘承晨等^[12]所选SSR标记的PIC值（0.256）,表明本研究所用的SSR标记更能体现哈尼梯田红米的遗传多样性情况.在100对SSR标记中,有52对引物的香农多样性指数（I）高于1.000,进一步说明哈尼梯田红米地方品种具有丰富的遗传多样性.较低的基因杂合度H（0.167）与水稻为自花授粉、基因型高度纯合的特性一致. ...

... [12]所选SSR标记的PIC值（0.256）,表明本研究所用的SSR标记更能体现哈尼梯田红米的遗传多样性情况.在100对SSR标记中,有52对引物的香农多样性指数（I）高于1.000,进一步说明哈尼梯田红米地方品种具有丰富的遗传多样性.较低的基因杂合度H（0.167）与水稻为自花授粉、基因型高度纯合的特性一致. ...

... 聚类分析可将60份水稻品种分为两大类,籼稻亚种（I）包含57个品种,而粳稻亚种（II）仅有3个品种,表明哈尼梯田红米以籼稻为主,与前人对哈尼梯田水稻研究的结果^[12-14,24]相似,通过树状图可见籼稻亚种中仍存在大量的遗传分化,可进一步分为多个亚群,遗传分化对哈尼梯田水稻品种适应当地不同的气候条件,经长期种植而不退化具有重要意义.本研究中也存在“同名异种”和“同种异名”现象,例如红谷（38号、50号、57号）、车那（11号、32号）、花谷（15号、31号）、本地红谷（20号、23号）、高山红谷（7号、33号）和毛车（12号、34号）虽然名称相同,但在聚类时并未被聚到一起,而像六月谷（52号）和水旱稻（56号）遗传相似性系数高达0.933,很可能为“同种异名”.出现这种现象的主要原因是元阳哈尼族人们普遍存在种子交换和品种轮换种植现象,在频繁的换种过程中形成了“异名同种”和“异种同名”现象^[25]. ...

Genetic structure and phylogeography of rice landraces in Yunnan,China,revealed by SSR

2006

Estimating genetic diversity of rice landraces from Yunnan by SSR assay and its implication for conservation

2003

Abundant within-varietal genetic diversity in rice germplasm from Yunnan Province of China revealed by SSR fingerprints

2007

利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性

2011

... [16]用48对SSR标记分析哈尼梯田水稻地方品种遗传多样性的结果（平均PIC=0.652~0.660）接近,明显高于刘承晨等^[12]所选SSR标记的PIC值（0.256）,表明本研究所用的SSR标记更能体现哈尼梯田红米的遗传多样性情况.在100对SSR标记中,有52对引物的香农多样性指数（I）高于1.000,进一步说明哈尼梯田红米地方品种具有丰富的遗传多样性.较低的基因杂合度H（0.167）与水稻为自花授粉、基因型高度纯合的特性一致. ...

元阳梯田湿地水稻地方品种遗传多样性分析

2012

Rapid silver staining and recover of PCR products separated on polyacrylamide gels

1994

... 试验于2017年在红河学院云南省农作物优质高效栽培与安全控制重点实验室进行.在水稻分蘖期采集新鲜幼嫩叶片用于基因组DNA提取,DNA提取采用CTAB法,用分光光度法检测DNA浓度并用1%的琼脂糖凝胶电泳检测提取DNA的质量,最后将DNA稀释成20ng/μL的工作溶液备用.100对均匀分布于水稻染色体的SSR引物序列来自Gramene数据库（www.gramene.org）,引物由生工生物工程（上海）股份有限公司合成,SSR引物所在染色体情况见表2.PCR反应体系为：每10μL反应物含有10ng模板DNA、0.2μM引物、2.5mM dNTP、1.2μL 10×PCR buffer、25mM MgCl₂和0.5U rTaq DNA聚合酶（上海生工）.PCR扩增程序：95℃预变性5min;然后是按照95℃ 30s、55℃~58℃ 30s、72℃ 30s进行30个循环;循环结束后72℃延伸8min,4℃保温.扩增产物用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分离,并通过1%的硝酸银染色^[18],在垩白观测仪上观察记录. ...

POPGENE,version 1.32:the user friendly software for population genetic analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre,University of Alberta,Edmonton,AB,

1999

... 统计SSR电泳的多态性条带,在相同迁移位置上有条带记为“1”,无条带记为“0”,利用Excel软件统计整理数据. 利用POPGENE 1.32 软件计算每对引物的观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）和香农多样性指数（I）^[19];用PowerMarker V3.25计算每对引物的多态性信息含量（PIC）及基因杂合度（H）^[20].采用NTSYS-pc版本2.10e软件进行品种间的聚类分析^[21]. ...

PowerMarker:an integrated analysis environment for genetic marker analysis

2005

NTSYS-pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Exeter Software:New York,NY,

2001

Genetic diversity and structure of new inbred rice cultivars in China

2012

元阳梯田红米稻作文化——一项亟待研究和保护的农业科学文化遗产

2009

元阳箐口村哈尼梯田水稻品种SSR遗传多样性分析

2011

元阳水稻地方品种多样性变化及换种规律研究

2011

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