水稻功能性插入缺失标记（InDel）的筛选与应用

王钰,马卉,许学,秦瑞英,杨剑波,汪秀峰

Screening and Application of Functional Insertion-Deletion Markers (InDel) in Rice

Yu Wang,Hui Ma,Xue Xu,Ruiying Qin,Jianbo Yang,Xiufeng Wang

表2 InDel标记位点及对应的引物序列

Table 2 InDel markers and corresponding primer sequences

序号 Number 基因座位 Gene locus InDel位点 InDel point 性状 Character 基因 Gene 上游引物 Upstream primer (5′-3′) 下游引物 Downstream primer (5′-3′) 1 LOC_Os01g02890 vf0101045823 穗型 sui1 TCTGCCATTGACGGTTACCT TCAGTCAAAACCACCAGGGA 2 LOC_Os01g02890 vf0101045824 穗型 sui1 TCTGCCATTGACGGTTACCT TCAGTCAAAACCACCAGGGA 3 LOC_Os01g02890 vf0101046394 穗型 sui1 CCCCCAAAAAAATATTGCAAATGG CAAAGAAGGGTGGTCTGCTG 4 LOC_Os01g02890 vf0101046400 穗型 sui1 CCCCCAAAAAAATATTGCAAATGG CAAAGAAGGGTGGTCTGCTG 5 LOC_Os01g02890 vf0101046696 穗型 sui1 CGCAGGTCAAATCGTCGAAT GTGGACAACATGAAATGGTCCA 6 LOC_Os01g02890 vf0101047729 穗型 sui1 AAGGATTCCTTTTTGTTGATATGTCA AGAAGGTGCCTGAAGAAATGAATAA 7 LOC_Os01g08700 vf0104337406 抽穗期 OsGI TTCAACCAATCCGGACCTCA TTTCTCGCCTCTCCTTCCTC 8 LOC_Os01g08700 vf0104337480 抽穗期 OsGI GGAGGAGAGAGAGAGGGAGA GGAAATAGCGCGGCCACT 9 LOC_Os01g10110 vf0105274528 每穗实粒数 Gn1a; OsCKX2 ATCCTGACCTGCTCTTGCTT ATAGGCCACCTTGTCCCTTC 10 LOC_Os01g38530 vf0121638848 抽穗期、千粒重 OsEF3 CGAGCTCGCTTAAATCCTTGG TCTTTCTAGCCTTGTTTCTGCA 11 LOC_Os01g38530 vf0121641804 抽穗期、千粒重 OsEF3 CATCACCTTCCCCCTCTCC TCCTTCCTTTCCTCGACCTG 12 LOC_Os01g38530 vf0121641930 抽穗期、千粒重 OsEF3 CAGGTCGAGGAAAGGAAGGA CCTTCGCCTTCCATTCCATG 13 LOC_Os01g39630 vf0122357349 雌性不育、雄性不育 RAD51C ACTTGGGAGGTTGAGGATGG CAACGTGCCTCATCACTCTG 14 LOC_Os01g39680 vf0122381968 花粉败育 Sa; SaM;SaF GGGATTGAAGATGCGTGCAT TGGGGTAGACGGGGAGATAA 15 LOC_Os01g39680 vf0122381972 花粉败育 Sa; SaM;SaF GTCATGCTGTTGTTGCCGTA TGGGGTAGACGGGGAGATAA 16 LOC_Os01g40630 vf0122956069 株型 LOG CGTACGTAATGCAGTGGTCA ATCGCATTTGCCTTGCCTTC 17 LOC_Os01g40630 vf0122956073 株型 LOG CGTACGTAATGCAGTGGTCA ATCGCATTTGCCTTGCCTTC 18 LOC_Os01g40630 vf0122956997 株型 LOG GGCCCCAGATGCATTCAAAA AGATTGGGGGTAGGAGGAGT 19 LOC_Os01g40630 vf0122957399 株型 LOG CCAAAAGGTGGGGGAGAGA ATCATGATTGCTGGCGAGC 20 LOC_Os01g47710 vf0127287637 穗型 DWT1 TGCAAGATATATTAGAACCCTAGCT GCTGTACTAGTTAAGTGGCCC 21 LOC_Os01g62920 vf0136444446 落粒性 qSH1 TCAATCTCTCTATAGCCCGCA GCGACATGGCTTGATGATCA 22 LOC_Os01g65900 vf0138261366 株高 OsPH1 TTTGGGAGTTGCAGGTTGTG AAGGTCCTGATCGTGTGGAG 23 LOC_Os01g65900 vf0138264444 株高 OsPH1 ACGGAAATGGGAAGGAGAGG CCACTCGCTATCCCCAACC 24 LOC_Os01g65900 vf0138264465 株高 OsPH1 ACGGAAATGGGAAGGAGAGG CCACTCGCTATCCCCAACC 25 LOC_Os01g66100 vf0138384219 株高 sd1; GA20ox-2 GGAACGAACAGAAGCCGATT AGCGGTAGGGTCCAAAATTG 26 LOC_Os01g70220 vf0140362882 抽穗期 SDG714 GGGAGTAGGAGCAGAGCAAA TGCACTGCCAAACTTATGCA 27 LOC_Os01g72090 vf0141823973 抽穗期 Se13; OsHY2 CGAAGCTGACGAACTTGTGG ACACAACTACTACTTGCCACTG 28 LOC_Os01g72090 vf0141824002 抽穗期 Se13; OsHY2 CGAAGCTGACGAACTTGTGG GCAGGGACAGATGTGGCTAA 29 LOC_Os02g05840 vf0202882064 叶角度、抽穗期 LC2; OsVIL3 GTGGATCCATGGCGAATTGG GAAGAGGAGGGGAGAGTCCA 30 LOC_Os02g07430 vf0203833298 子粒形状 OsMADS29 CCAGTTCAGTAGTTCACACACC TCAATTGTTCATCGTTCTGGACA 31 LOC_Os02g10900 vf0205785307 叶色 RLS1 GGCGCCATCAGGTCTATACT TAGTTGCCTCTGTGGAAGCT 32 LOC_Os02g15950 vf0209042087 穗型 EP3; LP TGAGCATAAGAAGCTGAAAAGAAA GGAGCTGAGAGGGAAAGAGG 序号 Number 基因座位 Gene locus InDel位点 InDel point 性状 Character 基因 Gene 上游引物 Upstream primer (5′-3′) 下游引物 Downstream primer (5′-3′) 33 LOC_Os02g15950 vf0209042088 穗型 EP3; LP TGAGCATAAGAAGCTGAAAAGAAA GGAGCTGAGAGGGAAAGAGG 34 LOC_Os02g17380 vf0209993979 育性恢复基因 Rf2; Rfx CCACAGATCGGTGAAGGACT ATGGGAGAGAGGAGGAAAGC 35 LOC_Os02g36974 vf0222330733 株高 GID2 ACTGATGAAGTCCGAGCATCA ACAGAACAAACTGGTAGGCCT 36 LOC_Os02g39710 vf0223985186 抽穗期 OsCOL4 TTCTGAGGAAGGACGTACGC TTATTCATGTCACACGGGGC 37 LOC_Os02g49230 vf0230092882 抽穗期 DTH2 GGCAAGCATGATCACTGGAG TGAGCTTCTCGCATGTTTGC 38 LOC_Os02g49230 vf0230093556 抽穗期 DTH2 GTAAATCTAGCGCGAGGTCG GTCGCGGAGTCAGAGTCG 39 LOC_Os02g50240 vf0230668947 株高、抽穗期、 子粒灌浆程度 OsGS1; GS1;OsGS1;1 ; OsGLN1;1 ; OsGS28 TAACGCAAAAGCCACGGC CGGTACTTGTCCCATCCTGT 40 LOC_Os02g50240 vf0230669103 株高、抽穗期、 子粒灌浆程度 OsGS1; GS1;OsGS1;1 ; OsGLN1;1 ; OsGS28 TACACAAGAGCACCCAAACG TGGTTGCATGCTACCACTAC 41 LOC_Os02g52710 vf0232242495 种子萌发 RAmy1A CCAGTACAATCGAACCAAGCA CCACGAAGTACTTCCTCCGT 42 LOC_Os02g53690 vf0232835334 抽穗期 OsGRF1; rhd1 AAGAAGTGGCGGAGAGGTTT GCCGTACGCCATTGATCTTT 43 LOC_Os02g56100 vf0234327302 叶色 RNRL2 AGCCATATAATTATATGAGCAAAATCCA AGACGATACTACCTCCATCCTAAAA 44 LOC_Os03g02160 vf0300718538 抽穗期 Ehd4 GAAGCAACTGTCACCCATGG TACCTGCTCAACCAATCCCC 45 LOC_Os03g07510 vf0303822183 粒型、千粒重 PGL1 TGAGAAGGAGAAGGAGCACG CCGTGAAATTCCGGTGGATT 46 LOC_Os03g07530 vf0303833269 每穗粒数、子粒大小 OsFBK12 GGGGCAGAAGCATTAGAAGC CGAGAAAAATCCCCACCACC 47 LOC_Os03g12660 vf0306742028 叶角度 OsDWARF4; CYP90B2 GAAGGTCATCAAGGACGTGC TAACACCGGCAGGATCTTCC 48 LOC_Os03g13370 vf0307210547 株高、穗长、 子粒大小 OsAPC6 CAACCGTGCATCCTACCAAG GGTGCAGAGGTAGCAGATGT 49 LOC_Os03g22510 vf0312928893 株高 OsSIN CTAGTCCGGCCGTACATGAA AGTTTCTTGTGTGACGCGTG 50 LOC_Os03g44500 vf0325040498 粒型 qGL3 TCAATTCGGAGCCAAACAAGA GGTGGCGAATGGAGTTTGAT 51 LOC_Os03g57940 vf0332993034 抽穗期 CKI; EL1; Hd16 ATCGGGTGATGGAGATGCTC CTGAGGCATTCATCGCCATC 52 LOC_Os04g46470 vf0427385522 株高 OsCCD7; htd1; sd-t; dit1 CCATGATCTTAACCCATTCGACA TGGCTCGCATTAAGTGATGC 53 LOC_Os04g52479 vf0431018471 叶型 Nal1; qFLW4 GTGTAGTTGGTGTTCCTCGC GAGAGTGCTGGGAATCTGGA 54 LOC_Os04g52479 vf0431018961 叶型 Nal1; qFLW4 GGTGGAGGACAGGTGGTATC CAAACAACTCAGCCGCCAT 55 LOC_Os04g52479 vf0431019024 叶型 Nal1; qFLW4 GGTGGTATCTTGTGCCGTCT AAACAAACAACTCAGCCGCC 56 LOC_Os04g55560 vf0432886736 落粒性 SHAT1 ACTTGCATAGCCCAACAAGG GTCTTGGACTCTTGGCACTG 57 LOC_Os05g05240 vf0502572700 粒型、千粒重 OsPPKL2 TGACGCTTCAGTGTTCAGTG GTGTAGATGAGAGGGACCGG 58 LOC_Os05g06660 vf0503443553 千粒重、结实率、 粒型 GS5 CATTGACGAGCTGAAGCACA GCGCAACAGTGAGCTATAGC 59 LOC_Os05g09520 vf0505366461 粒型 qSW5/ GW5 GCCCGAACTACATGTCCAAC CTCCACCACCACCACCTC 60 LOC_Os05g50270 vf0528755831 叶型、茎秆节数 NL1 GATGCGGCTTCATCACCG CGGTGGGACGACGTTGAG 61 LOC_Os06g03710 vf0601465089 株高 DLT; OsGRAS-32;D62 GTACAGCGGCTGGTCCAG CATGATCGCGAGGATGTTCG 62 LOC_Os06g03710 vf0601466875 株高 DLT; OsGRAS-32;D62 GTGCCAAGAAGAGACCTCCT AGCCTTAGCCAGATACCACA 63 LOC_Os06g03710 vf0601467535 株高 DLT; OsGRAS-32;D62 GGAGATGGAGATGCAGCCTA TTCTTCCCTTCCCTTCCACC 64 LOC_Os06g03710 vf0601467561 株高 DLT; OsGRAS-32;D62 TGTTGCCTCACCATTACCAC TTCTTCCCTTCCCTTCCACC 65 LOC_Os06g04200 vf0601764669 淀粉 wx; qGC-6; Wx-mq; Wx-op CAAATAGCCACCCACACCAC ACAACAGAACAACACAAGCAGA 66 LOC_Os06g04200 vf0601764698 淀粉 wx; qGC-6; Wx-mq; Wx-op CACCCCCTCTCTCACCATTC ACAACAGAACAACACAAGCAGA 67 LOC_Os06g06050 vf0602779752 株型、株高 D3 TATCACTTCGCTGTGTGGCT CCATGGGCGACGTCTACTC 68 LOC_Os06g06050 vf0602779803 株型、株高 D3 CACTCGCTTCACCCCAAATC CGTCAGGAAGCTCAGGATGT 69 LOC_Os06g06050 vf0602779807 株型、株高 D3 CACTCGCTTCACCCCAAATC CGTCAGGAAGCTCAGGATGT 70 LOC_Os06g06050 vf0602779824 株型、株高 D3 GAGTAGACGTCGCCCATGG CGTCAGGAAGCTCAGGATGT 71 LOC_Os06g06050 vf0602780108 株型、株高 D3 CTGGAACACCTCGACCTCTC GATGAAGGCGTTCTGCTCG 72 LOC_Os06g06560 vf0603085679 糊化温度 OsSSI; SSS1 GTCGCCATGATCCCCCCT CTCAGCCCACTCCTCTCTCT 73 LOC_Os06g06560 vf0603085750 糊化温度 OsSSI; SSS1 AGAGAGAGGAGTGGGCTGAG AGCGAACCAGCTCATCCAC 74 LOC_Os06g16370 vf0609336003 抽穗期 Hd1 GACGAGGAGGTGGACTCTTG ACATGCCGTTGTTGCTGC 75 LOC_Os06g16370 vf0609336027 抽穗期 Hd1 GACGAGGAGGTGGACTCTTG ACATGCCGTTGTTGCTGC 76 LOC_Os06g16370 vf0609336033 抽穗期 Hd1 GACGAGGAGGTGGACTCTTG GATGCGGTTGTCGTAGTACG 77 LOC_Os06g40780 vf0624311155 株高 OsPNH1 GACATTCCATCCAAGGGTGC AGAGAGGGCAGTGAACACTC 78 LOC_Os06g40780 vf0624311160 株型 MOC1 GACATTCCATCCAAGGGTGC AGAGAGGGCAGTGAACACTC 79 LOC_Os06g44034 vf0626555168 株高、分蘖数 sdt; OsmiR156h CCATTTGCTGCTGTTCCCTT TGCAGAGACTTGCAGCTAGT 80 LOC_Os06g44100 vf0626592286 株高、分蘖数 sdt; OsmiR156h GCTCGACGCAGAGAGACAT GTTCACGACCACGCCGAC 81 LOC_Os07g11020 vf0706067072 株高、分蘖数 OsTRXh1 GCATCCTGATGATTGTTCCCA TCTTTCAGCACATGGTTGGC 82 LOC_Os07g11020 vf0706068130 种皮、果皮红 Rc; qSD7-1;qPC7 AGGTGTCCATCATCGAGAGC GAGCTCCTGCATCGCCTG 83 LOC_Os07g41200 vf0724668239 粒型 GL7; GW7 CTCACGCACATCCAACTGC CACATCTCATCTCACGCGTC 84 LOC_Os07g41200 vf0724668280 粒型 GL7; GW7 GAAAGCCAAGGAGCAAGCAG CTCTCCCTCTCCTCACGACA 85 LOC_Os07g41370 vf0724787521 穗型 OsMADS18 CCTCCCCCCATTTCCATCTT ATCTTGTTCTCGATCCGCCG 86 LOC_Os07g41370 vf0724787522 穗型 OsMADS18 CCTCCCCCCATTTCCATCTT ATCTTGTTCTCGATCCGCCG 序号 Number 基因座位 Gene locus InDel位点 InDel point 性状 Character 基因 Gene 上游引物 Upstream primer (5′-3′) 下游引物 Downstream primer (5′-3′) 87 LOC_Os07g41370 vf0724787544 穗型 OsMADS18 CCTCCCCCCATTTCCATCTT AGAAGGTCACCTGCCTGTTT 88 LOC_Os07g49460 vf0729615794 抽穗期 DTH7; Ghd7.1; OsPRR37 CCGCCCTCCCCAATATCTAG AAGTTACCTGCGGTTGGTTG 89 LOC_Os07g49460 vf0729626365 抽穗期 DTH7; Ghd7.1; OsPRR37 CAAACTCAGATGCTGCACCA GCTGTGCAGGATGAAATGCT 90 LOC_Os08g07740 vf0804332913 子粒产量、 株高和抽穗期 Ghd8 GTCTAAACCATTGCACGCCA TGATGGAGTTCGAGGGCATC 91 LOC_Os08g07740 vf0804332925 子粒产量、 株高和抽穗期 Ghd8 GTCTAAACCATTGCACGCCA TGATGGAGTTCGAGGGCATC 92 LOC_Os08g07740 vf0804334115 子粒产量、 株高和抽穗期 Ghd8 ACCTATGCAAAGTGAGTAGAGATT ATGCGCTGCACACATGTAAT 93 LOC_Os08g07740 vf0804334118 子粒产量、 株高和抽穗期 Ghd8 ACCTATGCAAAGTGAGTAGAGATT ATGCGCTGCACACATGTAAT 94 LOC_Os08g07740 vf0804334120 子粒产量、 株高和抽穗期 Ghd8 ACCTATGCAAAGTGAGTAGAGATT ATGCGCTGCACACATGTAAT 95 LOC_Os08g07740 vf0804334201 子粒产量、 株高和抽穗期 Ghd8 AACTTGGTTGTTTGCATTACATGTG TGATCATCACCTAAGATTTTTTAGTCTT 96 LOC_Os08g08840 vf0805138735 淀粉合成 OsGPT CTTGGGGCTCTCCTACGATC CCGCGGAAACAACAACAGAA 97 LOC_Os08g30910 vf0819086011 抽穗期 SDG710 CAGGCCTCTGCATAGCTGAT CTGAGCAATCGCAACCATGA 98 LOC_Os08g31470 vf0819461558 株型 PAY1 CAGGTACCGTTCTCCCCG GCGAGCTTCTTGGATCTGTG 99 LOC_Os08g31470 vf0819461562 株型 PAY1 CAGGTACCGTTCTCCCCG GCGAGCTTCTTGGATCTGTG 100 LOC_Os08g31470 vf0819461571 株型 PAY1 CAGGTACCGTTCTCCCCG GCGAGCTTCTTGGATCTGTG 101 LOC_Os08g31470 vf0819462009 株型 PAY1 GCTCTTCTCGTGCTTGGATG CCAGCCGAAGCAGAATCAAT 102 LOC_Os08g41940 vf0826498477 千粒重 qGW8; OsSPL16 CACGGAATCGAGAGTGAGGA CGGCATCTTGAGATCCCACT 103 LOC_Os08g41940 vf0826502759 千粒重 qGW8; OsSPL16 AGCCACTTCTGAAGACGGTA GAGCACTTGTGTCAACCCAC 104 LOC_Os09g02650 vf0901157494 茎秆强度、株高 BC12 GCATCAGTAGCAGTAGCAGC CGGAGCCAATAAGGAGGATTC 105 LOC_Os09g02650 vf0901157501 茎秆强度、株高 BC12 GCATCAGTAGCAGTAGCAGC CGGAGCCAATAAGGAGGATTC 106 LOC_Os09g27620 vf0916785562 不育 tms9-1 CCTGTGCTTCGCGATCAAC GTGTAGCAGGTGGCCTCTG 107 LOC_Os09g27620 vf0916785573 不育 tms9-1 CCTGTGCTTCGCGATCAAC GTGTAGCAGGTGGCCTCTG 108 LOC_Os09g35980 vf0920731230 分蘖角度 TAC1 CATCACTGGCGAGCGAATAG CCATGCATATCGTCGACAGC 109 LOC_Os10g28330 vf1014668336 抽穗期 Ehd2 ACTGGTCATTGAGTTGCTGC GCACATTGACACCTGCAGAG 110 LOC_Os10g28330 vf1014668338 抽穗期 Ehd2 ACTGGTCATTGAGTTGCTGC GCACATTGACACCTGCAGAG 111 LOC_Os11g05850 vf1102731154 粒型、千粒重 CycT1;3 CCCACAAGTAGCTGCAGTTG TGCCATTGACCCAACCTAGT 112 LOC_Os11g12740 vf1107189229 穗型 SP1 AACTACTACCTTTTGACTTGACCT TGGATGTATATGAGTCCCCACC 113 LOC_Os11g12740 vf1107189401 穗型 SP1 ACATCCACCCTTACTAATATTTTTCCA GAGCAGCAGGAGGAGAAGG 114 LOC_Os11g12740 vf1107189651 穗型 SP1 CGAGGAGCCAGTAGAAGAGG TTCTACCTCAGCTCCCTCCT 115 LOC_Os11g12740 vf1107189878 穗型 SP1 GTGAACATCTCGGACACGC CCGTCACCTTCTCCATGGT 116 LOC_Os11g12740 vf1107190696 穗型 SP1 TTTGTTGATGCGGTGGACAG GGCGGTAACCAAGAGGAAAC 117 LOC_Os11g12740 vf1107192768 穗型 SP1 GCGTTGAAGTAGCTCGACAG CCTCAAGCCCAACATCATCG 118 LOC_Os11g29840 vf1116855382 株型 LA1 AGCGGCCTTCTCACCATC GTCCTCGACGGTGAAGCC 119 LOC_Os11g29840 vf1116855390 株型 LA1 AGCGGCCTTCTCACCATC GTCCTCGACGGTGAAGCC 120 LOC_Os11g29840 vf1116857535 株型 LA1 CACAGGAAAGTCTACCCCGA CCTCATGGGATGGTCCTTCC 121 LOC_Os11g29840 vf1116857536 株型 LA1 CACAGGAAAGTCTACCCCGA CCTCATGGGATGGTCCTTCC 122 LOC_Os11g29840 vf1116857537 株型 LA1 CACAGGAAAGTCTACCCCGA CCTCATGGGATGGTCCTTCC 123 LOC_Os12g36030 vf1222017077 不育 pms3; p/tms12-1; IncRNA; LDM GTTCATGTTGCTTCCTAACCGA AGGCTACGTACACTGCACAA 124 LOC_Os12g36890 vf1222573212 叶型、穗型 OsCD1 GGTGAATATCGTCCCGGAGA CCGAGTTCGTGCACTACAC