油茶基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析
代涵, 申铁, 石桃雄, 黎瑞源

Genomic SSR Loci Mining and Genetic Diversity Analysis of Camellia oleifera Based on Genome Sequences
Dai Han, Shen Tie, Shi Taoxiong, Li Ruiyuan
表2 SSR-PCR筛选引物
Table 2 Screening of primers of SSR-PCR
序号
Number		 名称
Name		 重复基序
Repeat
motif		 引物序列
Primer sequence		 扩增片段大小
Amplified fragment
size (bp)		 等位
基因数
Na		 杂合度
He		 多态性
信息含量
PIC		 基因多样性
Gene
diversity
1 CoAb086 (CAT)5 F: CCCTGAAGATATCCGCACCC 257 4 1.00 0.57 0.63
R: TTCTTCCACCGGGTTCCATG
2 CoAb089 (AAAT)5 F: CGAAACACCGGCCCATATCT 268 1 0.00 0.52 0.67
R: TTCTTCTTCGGGGTTCCGTG
3 CoAb090 (TTTTC)5 F: GGCCGCAATGTGTTAGCTTT 339 6 1.00 0.66 0.70
R: TTGTTGTGGGGGGTTACTCT
4 CoAb091 (TTATT)5 F: AACTGGAGATTGCGACACGT 294 9 1.00 0.78 0.80
R: TTATTATTAAGGGTTCCACA
5 CoAb095 (GCT)5 F: GCTGCCTAGCCTTGACTGAA 265 3 0.67 0.58 0.66
R: TTGTTGAGGCGGGTTAGTAA
6 CoAb096 (ACA)7 F: ACACAACACACAACGGATGA 228 6 0.73 0.74 0.78
R: TTATTACCACGGGTTAGGGT
7 CoAb097 (TGA)10 F: CCACGTTGGATCTTGAGGCT 292 8 0.73 0.64 0.68
R: TTCTTCGACCGGGTTAGAGA
8 CoAb098 (AAC)5 F: TGCACACAGCCACAAATCCT 254 3 0.60 0.38 0.46
R: TTTTTTACTGGGGTTTGGCA
9 CoAb099 (CAT)6 F: TCCGATTCGACGCATCATCA 319 1 0.00 0.32 0.00
R: TTTTTTGCTCGGGTTTGACC
10 CoAb100 (AAC)5 F: GGGCAGGTCTACACCAACAA 296 3 0.73 0.41 0.50
R: TTGTTGATGGGGGTTCCAAC
11 CoAb101 (GCT)7 F: TACTGGCACTGCTTTCGGAG 286 2 0.87 0.37 0.49
R: TTTTTTAATAGGGTTCTCAG
12 CoAb110 (GCT)5 F: AATTCTGCTGGTCTGCTGGC 127 7 1.00 0.70 0.73
R: TTATTATTAAGGGTTAAACT
13 CoAb111 (TGA)5 F: TTATAGGCGTGACTCCCGGT 241 2 1.00 0.38 0.50
R: TTTTTTTGTTGGGTTCTGAG
14 CoAb114 (AAC)5 F: TGCCAGGAGGAGAATTTGGG 276 4 1.00 0.50 0.58
R: TTTTTTTCTGGGGTTGGCAA
15 CoAb134 (TAAA)5 F: TCGCTGAAACAAACAGACCT 193 6 1.00 0.66 0.70
R: TTTTTTGCTCGGGTTACAAA
16 CoAb148 (ATAA)5 F: GGCTGAGTGGGCATGTTAGT 145 5 1.00 0.56 0.63
R: TTGTTGGGGGGGGTTGAGCA
17 CoAb169 (AATA)5 F: GCATGCAGAGGGAAGAGTGT 114 3 1.00 0.55 0.62
R: TTGTTGGTGCGGGTTCGCCA
18 CoAb176 (TTTTA)5 F: TCCCACCTGCTACACCTTCA 243 6 1.00 0.76 0.79
R: TTTTTTAATCGGGTTCCGCC
19 CoAb179 (ATTTT)5 F: TCCGACAATTTGAAGCACCT 183 5 1.00 0.62 0.67
R: TTTTTTGCTCGGGTTCATGA
20 CoAb183 (TTATT)5 F: CTTCCATCGTTCGAGGACCA 136 7 1.00 0.75 0.78
R: TTCTTCGGCTGGGTTGTCGG
21 CoAb211 (TTATT)5 F: TCATGCTTTGCCTCCAAACC 324 4 1.00 0.57 0.64
R: TTTTTTCCTCGGGTTAGGGC
22 CoAb214 (AAACC)6 F: TCGAAACCAAGTGACCTGGA 186 4 1.00 0.50 0.59
R: TTTTTTTGTCGGGTTAATCA
23 CoAb225 (TTGGT)7 F: CATCTCCAGCCCGTACTCAC 187 8 1.00 0.67 0.71
R: TTCTTCACCAGGGTTGCCGA
24 CoAb230 (AAACC)5 F: AAATGTGCCTACCCTTGTGG 178 6 1.00 0.73 0.77
R: TTATTATGAAGGGTTGATCG
25 CoAb235 (TTGGT)6 F: GGAGAGAGAAGGGAGAGCCA 130 6 1.00 0.74 0.77
R: TTGTTGAAGGGGGTTAAAAC
均值Mean 4.76 0.85 0.58 0.63