抗列当食用向日葵杂交种经葵1408叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

马军, 张祥雷, 安呈洁, 杨学文, 张博琳, 张武, 王鹏冬

Chloroplast Genome Characteristics and Codon Bias Analysis of Anti-Broomrape Confectionery Sunflower Hybrid Jingkui 1408

Ma Jun, Zhang Xianglei, An Chengjie, Yang Xuewen, Zhang Bolin, Zhang Wu, Wang Pengdong

表1 JK1408叶绿体基因组基因分类

Table 1 Gene classification of the chloroplast genome in JK1408

功能 Function 家族 Family name 基因代码 Code 基因 Gene 复制基因 Duplicate gene 核糖体小亚基 rps rps11，rps12，rps12，rps14，rps15，rps16，rps18，rps19，rps2，rps3，rps4，rps7，rps7，rps8 rRNA rrn rrn16，rrn23，rrn4.5，rrn5，rrn5，rrn4.5，rrn23，rrn16 核糖体大亚基 rpl rpl14，rpl16，rpl2，rpl2，rpl20，rpl22，rpl23，rpl23，rpl32，rpl33，rpl36 脱氧核糖核酸依赖性RNA聚合酶 rpo rpoA，rpoB，rpoC1，rpoC2 tRNA trn trnM-CAU，trnL-CAA，trnV-GAC，trnI-GAU，trnA-UGC，trnR-ACG，trnN-GUU，trnL-UAG，trnN-GUU，trnR-ACG，trnA-UGC，trnI-GAU， trnV-GAC，trnL-CAA，trnM-CAU，trnP-UGG，trnW-CCA，trnM-CAU，trnV-UAC，trnF-GAA，trnL-UAA，trnT-UGU，trnS-GCU，trnfM-CAU，trnG-GCC，trnS-UGA，trnT-GGU，trnG-UCC，trnR-UCU，trnE-UUC，trnY-GUA，trnD-GUC，trnC-GCA，trnS-GCU，trnQ-UUG，trnH-GUG 光合作用基因 Photosynthesis gene ATP合酶亚基 atp atpA，atpB，atpE，atpF，atpH，atpI NADH-脱氢酶亚基 ndh ndhA，ndhB，ndhB，ndhC，ndhD，ndhE，ndhF，ndhG，ndhH，ndhI，ndhJ，ndhK 细胞色素b/f复合物的亚基 pet petA，petB，petD，petG，petL，petN 光系统I的亚基 psa psaA，psaB，psaC，psaI，psaJ，ycf3 光系统II的亚基 psb psbH，psbA，psbB，psbC，psbD，psbE，psbF，psbL，psbI，psbJ，psbK，psbM，psbN，psbT，psbZ 二磷酸核酮糖氧合酶/羧化酶亚基 rbc rbcL 其他基因Other gene 乙酰辅酶A-羧化酶亚基 acc accD 包膜蛋白基因 cem cemA c型细胞色素合成基因 ccs ccsA 蛋白酶基因 clp clpP 成熟酶基因 mat matK 平移起始因子 Inf infA 未知基因Unknown gene 假定叶绿体阅读框 ycf ycf1，ycf2，ycf2，ycf4