抗列当食用向日葵杂交种经葵1408叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

马军, 张祥雷, 安呈洁, 杨学文, 张博琳, 张武, 王鹏冬

Chloroplast Genome Characteristics and Codon Bias Analysis of Anti-Broomrape Confectionery Sunflower Hybrid Jingkui 1408

Ma Jun, Zhang Xianglei, An Chengjie, Yang Xuewen, Zhang Bolin, Zhang Wu, Wang Pengdong

表4 JK1408叶绿体基因组各氨基酸的RSCU分析

Table 4 RSCU analysis of amino acids in the chloroplast genome of JK1408

氨基酸 Amino acid 密码子 Codon 数目 Number 相对 同义 密码子 RSCU 氨基酸 Amino acid 密码子 Codon 数目 Number 相对 同义 密码子 RSCU 苯丙氨酸 Phe UUU 768 1.35 丙氨酸 Ala GCU 509 1.77 UUC 368 0.65 GCC 182 0.63 亮氨酸 Leu UUA 690 1.92 GCA 335 1.16 UUG 458 1.28 GCG 127 0.44 CUU 458 1.28 酪氨酸 Tyr UAU 628 1.63 CUC 128 0.36 UAC 142 0.37 CUA 289 0.81 组氨酸 His CAU 357 1.5 CUG 131 0.36 CAC 119 0.5 异亮氨酸 Ile AUU 836 1.46 谷氨酰胺 Gln CAA 570 1.53 AUC 340 0.6 CAG 176 0.47 AUA 536 0.94 天冬酰胺 Asn AAU 790 1.57 甲硫氨酸 Met AUG 473 1 AAC 214 0.43 缬氨酸 Val GUU 395 1.46 赖氨酸 Lys AAA 788 1.49 GUC 133 0.49 AAG 267 0.51 GUA 410 1.51 天冬氨酸 Asp GAU 663 1.58 GUG 146 0.54 GAC 176 0.42 丝氨酸 Ser UCU 441 1.77 谷氨酸 Glu GAA 822 1.51 UCC 219 0.88 GAG 267 0.49 UCA 304 1.22 半胱氨酸 Cys UGU 157 1.45 UCG 119 0.48 UGC 60 0.55 AGU 326 1.31 色氨酸 Trp UGG 367 1 AGC 82 0.33 精氨酸 Arg AGA 362 1.84 脯氨酸 Pro CCU 344 1.61 AGG 123 0.62 CCC 145 0.68 CGU 275 1.39 CCA 234 1.09 CGC 78 0.4 CCG 134 0.63 CGA 260 1.32 苏氨酸 Thr ACU 407 1.64 CGG 85 0.43 ACC 187 0.75 甘氨酸 Gly GGU 470 1.35 ACA 303 1.22 GGC 159 0.46 ACG 94 0.38 GGA 536 1.53 GGG 232 0.66