抗列当食用向日葵杂交种经葵1408叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

马军, 张祥雷, 安呈洁, 杨学文, 张博琳, 张武, 王鹏冬

Chloroplast Genome Characteristics and Codon Bias Analysis of Anti-Broomrape Confectionery Sunflower Hybrid Jingkui 1408

Ma Jun, Zhang Xianglei, An Chengjie, Yang Xuewen, Zhang Bolin, Zhang Wu, Wang Pengdong

表6 JK1408叶绿体基因组最优密码子的确定

Table 6 Determination of the optimal codon for the chloroplast genome of JK1408

氨基酸 Amino acid 密码子 Codon 高表达基因 High expression gene 低表达基因 Low expression gene 相对 使用度 差值 ΔRSCU 氨基酸 Amino acid 密码子 Codon 高表达基因 High expression gene 低表达基因 Low expression gene 相对 使用度 差值 ΔRSCU 数目 Number 相对同义 密码子 RSCU 数目 Number 相对同义 密码子 RSCU 数目 Number 相对同义 密码子 RSCU 数目 Number 相对同义 密码子 RSCU 苯丙氨酸 Phe UUU 91 1.33 36 1.57 -0.24 丙氨酸 Ala GCU* 46 1.61 40 1.47 0.14 UUC* 86 0.67 24 0.43 0.24 GCC*** 22 0.90 7 0.28 0.62 亮氨酸 Leu UUA 67 1.74 51 2.33 -0.59 GCA 31 0.90 28 1.66 -0.76 UUG 77 1.24 25 1.39 -0.16 GCG 13 0.59 9 0.59 0.00 CUU* 82 1.31 28 1.08 0.23 酪氨酸 Tyr UAU* 91 1.45 28 1.34 0.11 CUC** 28 0.48 2 0.15 0.33 UAC 24 0.55 15 0.66 -0.11 CUA 48 0.84 27 0.90 -0.06 组氨酸 His CAU** 62 1.66 11 1.17 0.49 CUG* 26 0.39 5 0.14 0.24 CAC 17 0.34 7 0.43 -0.09 异亮氨酸 Ile AUU 99 1.29 55 1.77 -0.48 谷氨酰胺 Gln CAA 75 1.28 22 1.69 -0.41 AUC* 58 0.59 18 0.34 0.25 CAG** 38 0.72 4 0.31 0.41 AUA* 79 1.12 25 0.88 0.23 天冬酰胺 Asn AAU 130 1.40 34 1.44 -0.04 甲硫氨酸 Met AUG 58 1.00 30 1.00 0.00 AAC 45 0.60 16 0.56 0.04 缬氨酸 Val GUU 36 0.98 27 1.85 -0.87 赖氨酸 Lys AAA* 120 1.62 34 1.39 0.23 GUC*** 23 0.64 4 0.14 0.50 AAG* 62 0.38 6 0.21 0.17 GUA 30 1.38 33 1.76 -0.38 天冬氨酸 Asp GAU* 123 1.61 24 1.36 0.25 GUG*** 27 0.10 4 0.25 0.74 GAC 30 0.39 6 0.64 -0.25 丝氨酸 Ser UCU 67 1.31 27 1.24 0.08 谷氨酸 Glu GAA 100 1.48 46 1.68 -0.19 UCC 47 1.05 16 1.31 -0.26 GAG* 54 0.52 11 0.32 0.19 UCA 57 1.41 19 1.65 -0.24 半胱氨酸 Cys UGU 21 1.32 8 1.80 -0.48 UCG** 30 0.71 3 0.27 0.44 UGC** 11 0.68 1 0.20 0.48 AGU* 45 1.34 20 1.20 0.14 色氨酸 Trp UGG 47 1.00 26 1.00 0.00 AGC 14 0.17 6 0.32 -0.16 精氨酸 Arg CGU 32 2.17 20 2.42 -0.24 脯氨酸 Pro CCU 36 1.18 29 1.97 -0.79 CGC** 18 0.56 3 0.25 0.31 CCC* 26 0.84 9 0.57 0.27 CGA 38 1.02 12 1.15 -0.14 CCA* 41 1.26 15 1.07 0.19 CGG* 17 0.41 3 0.26 0.15 CCG** 18 0.72 6 0.39 0.33 AGA 61 1.25 15 1.59 -0.34 苏氨酸 Thr ACU* 48 1.59 22 1.40 0.19 AGG* 34 0.59 4 0.34 0.25 ACC* 22 0.77 11 0.64 0.12 甘氨酸 Gly GGU 45 1.05 48 1.77 -0.72 ACA 40 1.25 23 1.60 -0.35 GGC 9 0.19 10 0.32 -0.13 ACG 19 0.38 2 0.35 0.04 GGA*** 69 1.78 22 1.26 0.52 GGG** 40 0.97 8 0.64 0.33