30个马铃薯品种StNRT2.5表达模式与生物信息学分析

王辰宇, 江政廷, 乔宏宇, 赵桐, 刘慧羚, 张婧颖, 韩玉珠

Expression Patterns and Bioinformatics Analysis of StNRT2.5 in 30 Potato Varieties

Wang Chenyu, Jiang Zhengting, Qiao Hongyu, Zhao Tong, Liu Huiling, Zhang Jingying, Han Yuzhu

表2 生物信息学在线分析软件的名称及网址

Table 2 The names and URLs of the online bioinformatics analysis software

工具Tool 网址URL 功能Function Blast http://www.ncbi.nlm.nih.gov 进行相似性比较 ORF Finder http://www.91bio.com/SMS2/filter_protein.html 确定开放阅读框 ProtParam http://web.expasy.org/protparam/ 计算蛋白理化性质 ProScale https://web.expasy.org/protscale/ 预测亲水/疏水区 Net Phos 3.1 Server http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ 预测磷酸位点 SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 氨基酸信号肽预测 TMHMM http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ 氨基酸跨膜结构预测 Interpro Scan https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/ 蛋白质结构域预测 Plant CARE http://bioinformatics.psb.ugent/webtools/plantcare/html/ 启动子顺式元件预测 PSORT II Prediction https://psort.hgc.jp/form2.html 亚细胞定位预测 String https://string-db.org/ 蛋白互作分析预测 SOPMA https://npsa-prabi.ibcp.fr/NPSA/npsa_sopma.html 蛋白质二级结构预测 Swiss-Model https://swissmodel.expasy.org/interactive 蛋白质三级结构预测 Clustal X http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ 多序列对比 MEGA X https://www.megasoftware.net/ 构建系统进化树