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作物杂志,2016, 第3期: 171–174 doi: 10.16035/j.issn.1001-7283.2016.03.032

• 简报 • 上一篇    

白姜转录组中的SSR位点信息分析

邹勇1,2,黄科1,2,姜玉松1,2,刘奕清1,2   

  1. 1重庆文理学院特色植物研究院,402160,重庆
    2重庆市特色植物种苗工程技术研究中心,402160,重庆
  • 收稿日期:2016-02-24 修回日期:2016-04-25 出版日期:2016-06-15 发布日期:2018-08-26
  • 通讯作者: 刘奕清
  • 作者简介:邹勇,讲师,主要从事经济作物培育与利用研究
  • 基金资助:
    重庆市基础与前言研究计划项目(cstc2015jcyjA80004);重庆市教委科学技术研究项目(KJ131214);重庆文理学院引进人才项目(R2012LS03)

SSR Information in Transcriptome of White Ginger (Zingiber officinale Roscoe)

Zou Yong1,2,Huang Ke1,2,Jiang Yusong1,2,Liu Yiqing1,2   

  1. 1Forestry and Life Sciences,Chongqing University of Sciences and Arts,Chongqing 402160,China
    2Engineering Research Center for Special Plant Seedlings of Chongqing,Chongqing 402160,China
  • Received:2016-02-24 Revised:2016-04-25 Online:2016-06-15 Published:2018-08-26
  • Contact: Yiqing Liu

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PDF (PC)

149

摘要：

利用Trinity软件对白姜转录组进行de novo组装,CAP3软件对组装的contig拼接删选;MISA工具对unigene进行SSR检索。从153 724条unigene中共发现16 593个SSR,分布在14 436条unigene序列中,出现频率为9.39%,平均每9.26kb含有1个SSR位点。其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大,分别为37.59%和45.24%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,占22.47%和11.79%。基序长度主要分布于12~20bp,占总数的85.06%。研究结果表明,白姜SSR位点频率、密度较高,类型多样,在生姜分子标记辅助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能。

关键词: 生姜, 转录组, SSR, 位点信息

Abstract:

The Trinity software was applied in de novo transcriptome assembly of the white giner (Zingiber officinale Roscoe). The redundant contigs were filtered and removed by the CAP3 software. Meanwhile, the non-redundant unigenes were examined by the tool of MISA to detect SSRs. Finally, 16 593 SSRs were found, and these SSRs were distributed in 14 436 unigenes in the examined sequences. Frequency of occurrences for SSRs was 9.39%, and density of distribution was on average 1/9.26kb. The most abundant type of repeat motif was dinucleotide (37.59%) and trinucleotide (45.24%).The most frequent motifs in dinucleotide and trinucleotide were AG/CT (22.47%) and AGG/CCT (11.79%). 85.06% motifs in the length ranged from 12bp to 20bp. The SSR sites in the transcriptome of white giner had high frequency of occurrences, high density, and various types. These data might be applied in the study on marker-assisted selection, genetic diversity of Zingiber officinale Roscoe.

Key words: Zingiber officinale Roscoe, Transcriptome, SSR, Information of loci

表1

白姜转录组中SSR分布频率和密度"

重复类型
Type of repeat		 SSR数量
Number of SSRs		 比例(%)
Rate		 平均长度(bp)
Average length		 平均分布距离(kb)
Average distance		 频率(%)
Frequency
二核苷酸Dinucleotide 6 237 37.59 15.07 28.87 4.06
三核苷酸Trinucleotide 7 507 45.24 16.70 23.98 4.88
四核苷酸Tetranucleotide 1 656 9.98 17.23 108.73 1.08
五核苷酸Pentanucleotide 739 4.45 20.60 243.66 0.48
六核苷酸Hexanucleotide 454 2.74 25.12 396.61 0.30
合计Total 16 593 100 18.94 9.26 10.79

图1

白姜转录组中SSR主要基元分布频率"

表2

白姜转录组中不同重复次数的SSR数量"

基序长度(bp) SSR重复次数Number of SSR repeats
4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
2 - - 2183 1421 937 829 576 269 9 4 9 - - -
3 - 4448 1969 1035 47 - 3 1 2 - - - - 2
4 1239 355 43 17 1 - - - - - - - - -
5 658 74 6 1 - - - - - - - - - -
6 411 21 8 9 4 - 1 - - - - - - -
总计 2308 4898 4209 2483 989 829 580 270 11 5 9 - - 2
比例(%) 13.91 29.52 25.37 14.96 5.96 5.00 3.50 1.63 0.07 0.03 0.05 0 0 0.01

图2

白姜转录组中SSR基序长度分布频率"

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