水稻功能性插入缺失标记（InDel）的筛选与应用

doi:10.16035/j.issn.1001-7283.2019.04.013

Abstract

Abstract:

The identification of the purity and authenticity of rice varieties has important significance for rice improvement and breeding. In this study, we identified 124 highly polymorphic funcitional insertion-deletion (InDel) loci from 643 InDel loci in rice genome using 245 rice varieties which were main pushed in the Yangtze River. We also developed an efficient detection system of InDel genotypes. We detected the purity of rice variety using InDel marker vf0121641804 and SSR marker RM7120 and analyzed the authenticity of rice varieties using 24 InDel markers and 48 standard SSR marker disturbing rice 12 chromosomes. Results showed that rice purity and authenticity detected using InDel marker were similar to those using SSR markers. At the same time, we analyzed the genotypes of 245 rice varieties using 124 InDel markers. The results showed that there was a distinct group structure between all surveyed samples, reflecting to the kinship between different varieties. The development of functional InDel markers provides new methods for the identification of the purity and authenticity of rice varieties and for the analysis of genetic diversity, which is also helpful to the prediction of hybrid rice with strong heterosis in molecular breeding in the future.

Key words: Rice, InDel, Polymorphism site, Purity of variety, Authenticity of variety, Genetic diversity

Wang Yu,Ma Hui,Xu Xue,Qin Ruiying,Yang Jianbo,Wang Xiufeng. Screening and Application of Functional Insertion-Deletion Markers (InDel) in Rice[J].Crops, 2019, 35(4): 84-93.

Figures/Tables 5

Table 1

Name, type and group of rice varieties for testing"

编号 Number	品种 Variety	类型 Type	类群 Group	编号 Number	品种 Variety	类型 Type	类群 Group	编号 Number	品种 Variety	类型 Type	类群 Group
1	绍糯9714	常规种/亲本	ⅡA	50	恢52	常规种/亲本	ⅠA	99	沪恢6号	常规种/亲本	ⅠA
2	高科1号	常规种/亲本	ⅠA	51	密阳46	常规种/亲本	ⅠB	100	cp120	常规种/亲本	ⅠA
3	泸香658	常规种/亲本	ⅠA	52	9311	常规种/亲本	ⅠA	101	恢527	常规种/亲本	ⅠA
4	德香4103	常规种/亲本	ⅠA	53	RH003	常规种/亲本	ⅠA	102	898	常规种/亲本	ⅠA
5	浙农34	常规种/亲本	ⅠA	54	ZH128	常规种/亲本	ⅠA	103	盐559	常规种/亲本	ⅠA
6	中嘉早17	常规种/亲本	ⅠA	55	红98	常规种/亲本	ⅠA	104	零57	常规种/亲本	ⅠA
7	嘉兴8号	常规种/亲本	ⅠA	56	R6547	常规种/亲本	ⅠA	105	明63	常规种/亲本	ⅠA
8	镇稻15	常规种/亲本	ⅠA	57	R118	常规种/亲本	ⅠA	106	IR50迟穗	常规种/亲本	ⅠA
9	淮稻12	常规种/亲本	ⅠA	58	安香2号	常规种/亲本	ⅠA	107	杨6无芒	常规种/亲本	ⅠA
10	皖稻68	常规种/亲本	ⅠA	59	川香6号	常规种/亲本	ⅠA	108	特青	常规种/亲本	ⅡA
11	黄糯2号	常规种/亲本	ⅠA	60	明恢100	常规种/亲本	ⅠA	109	成恢448	常规种/亲本	ⅠA
12	皖垦糯1号	常规种/亲本	ⅠA	61	明恢77	常规种/亲本	ⅠA	110	镇江084	常规种/亲本	ⅠA
13	中优838	常规种/亲本	ⅠA	62	黥香恢788	常规种/亲本	ⅠA	111	培矮64	常规种/亲本	ⅠA
14	皖稻197	常规种/亲本	ⅠA	63	测64	常规种/亲本	ⅠA	112	Li7954	常规种/亲本	ⅠA
15	嘉育253	常规种/亲本	ⅠA	64	创丰占	常规种/亲本	ⅠA	113	万恢88	常规种/亲本	ⅠA
16	新强8号	常规种/亲本	ⅠA	65	奉化占	常规种/亲本	ⅠA	114	R602	常规种/亲本	ⅠA
17	五山丝苗	常规种/亲本	ⅠA	66	丰美占	常规种/亲本	ⅠA	115	Liu3149	常规种/亲本	ⅠA
18	粳糯4921	常规种/亲本	ⅠA	67	广香籼	常规种/亲本	ⅠA	116	明恢1273	常规种/亲本	ⅠA
19	竹舟5号	常规种/亲本	ⅠA	68	黄华占	常规种/亲本	ⅠA	117	m125	常规种/亲本	ⅠA
20	早籼65	常规种/亲本	ⅠA	69	皖籼316	常规种/亲本	ⅠA	118	R-725	常规种/亲本	ⅠA
21	绿稻24	常规种/亲本	ⅡA	70	早籼14	常规种/亲本	ⅠA	119	南京16	常规种/亲本	ⅠA
22	金奉19	常规种/亲本	ⅡA	71	皖稻89	常规种/亲本	ⅠA	120	中香1号	常规种/亲本	ⅠA
23	皖稻113	常规种/亲本	ⅠA	72	中籼898	常规种/亲本	ⅠA	121	粤航1号	常规种/亲本	ⅠA
24	安选6号	常规种/亲本	ⅠA	73	中籼352	常规种/亲本	ⅠA	122	R1846	常规种/亲本	ⅠA
25	早籼15	常规种/亲本	ⅠA	74	盐稻8号	常规种/亲本	ⅠA	123	N456	常规种/亲本	ⅠA
26	皖稻141	常规种/亲本	ⅠA	75	泰国籼	常规种/亲本	ⅡA	124	R-11	常规种/亲本	ⅠA
27	丰优58	常规种/亲本	ⅠA	76	中香6号	常规种/亲本	ⅠA	125	海南常规稻	常规种/亲本	ⅠA
28	皖稻173	常规种/亲本	ⅠA	77	3263	常规种/亲本	ⅠA	126	肖37878	常规种/亲本	ⅠA
29	W262	常规种/亲本	ⅠA	78	镇籼96	常规种/亲本	ⅠA	127	KL90（童）	常规种/亲本	ⅠA
30	皖稻84	常规种/亲本	ⅠA	79	C4115	常规种/亲本	ⅠA	128	Liu矮	常规种/亲本	ⅠA
31	绿旱1号	常规种/亲本	ⅠA	80	NIJR05	常规种/亲本	ⅡA	129	创优2号	常规种/亲本	ⅠA
32	滁9507	常规种/亲本	ⅠA	81	武运粳14	常规种/亲本	ⅡA	130	IR24（尹）	常规种/亲本	ⅠA
33	川农1号	常规种/亲本	ⅠA	82	凡7	常规种/亲本	ⅡA	131	CO39（尹）	常规种/亲本	ⅠA
34	协优009	常规种/亲本	ⅠA	83	R18	常规种/亲本	ⅡA	132	明86（夏）	常规种/亲本	ⅠA
35	R96-2	常规种/亲本	ⅠA	84	C418	常规种/亲本	ⅠA	133	丰华占	常规种/亲本	ⅠA
36	丰优188	常规种/亲本	ⅠA	85	HP121	常规种/亲本	ⅠA	134	明恢86	常规种/亲本	ⅠA
37	中早33	常规种/亲本	ⅠA	86	皖恢9号	常规种/亲本	ⅠA	135	五色黑米	常规种/亲本	ⅠA
38	安育早1号	常规种/亲本	ⅠA	87	7NP285	常规种/亲本	ⅡA	136	五色红米	常规种/亲本	ⅠA
39	早籼2430	常规种/亲本	ⅡA	88	XH022	常规种/亲本	ⅡA	137	红香米	常规种/亲本	ⅠA
40	中籼2503	常规种/亲本	ⅠA	89	M1148	常规种/亲本	ⅡA	138	红米	常规种/亲本	ⅠA
41	天香58	常规种/亲本	ⅠA	90	粤B	常规种/亲本	ⅡA	139	红米早籼	常规种/亲本	ⅠA
42	天协13	常规种/亲本	ⅠA	91	R18选	常规种/亲本	ⅡA	140	镇籼122	常规种/亲本	ⅠA
43	晚粳22	常规种/亲本	ⅠA	92	52	常规种/亲本	ⅠB	141	4M92	常规种/亲本	ⅠA
44	宁粳3号	常规种/亲本	ⅠA	93	2428	常规种/亲本	ⅠA	142	8019	常规种/亲本	ⅠA
45	早籼788	常规种/亲本	ⅠA	94	贵9B	常规种/亲本	ⅠA	143	四丰43	常规种/亲本	ⅠA
46	川农2号	常规种/亲本	ⅠA	95	SR54	常规种/亲本	ⅡA	144	青元矮	常规种/亲本	ⅠA
47	糯稻N-2	常规种/亲本	ⅠA	96	中9B	常规种/亲本	ⅠA	145	春江06	常规种/亲本	ⅠA
48	早籼18	常规种/亲本	ⅠA	97	NLjR09	常规种/亲本	ⅠA	146	8077s	常规种/亲本	ⅠA
49	838	常规种/亲本	ⅠA	98	II-32B	常规种/亲本	ⅠA	147	HL514	常规种/亲本	ⅡA
编号 Number	品种 Variety	类型 Type	类群 Group	编号 Number	品种 Variety	类型 Type	类群 Group	编号 Number	品种 Variety	类型 Type	类群 Group
148	IR26	常规种/亲本	ⅠA	181	扬两优6号	两系杂交稻	ⅠA	214	天优华占	三系杂交稻	ⅠA
149	南粳15	常规种/亲本	ⅠA	182	丰两优1号	两系杂交稻	ⅠA	215	K优52	三系杂交稻	ⅠA
150	紫稻	常规种/亲本	ⅠA	183	广两优76	两系杂交稻	ⅠA	216	丰优126	三系杂交稻	ⅠA
151	ZH199	常规种/亲本	ⅠA	184	徽两优996	两系杂交稻	ⅠA	217	丰源优272	三系杂交稻	ⅠA
152	GP15	常规种/亲本	ⅠA	185	新两优香4	两系杂交稻	ⅠA	218	荃香优512	三系杂交稻	ⅠA
153	IR8	常规种/亲本	ⅠA	186	淮两优3号	两系杂交稻	ⅠA	219	广籼优4号	三系杂交稻	ⅠA
154	黑米	常规种/亲本	ⅠA	187	两优036	两系杂交稻	ⅡB	220	科优16	三系杂交稻	ⅠA
155	IR64	常规种/亲本	ⅡA	188	两优100	两系杂交稻	ⅠA	221	农华优808	三系杂交稻	ⅠA
156	B5	常规种/亲本	ⅠA	189	两优华6	两系杂交稻	ⅠA	222	冈优1577	三系杂交稻	ⅠA
157	五常香	常规种/亲本	ⅠA	190	广两优100	两系杂交稻	ⅠA	223	新优188	三系杂交稻	ⅠA
158	两优631	两系杂交稻	ⅠA	191	丰两优3号	两系杂交稻	ⅡA	224	金优88	三系杂交稻	ⅠA
159	广两优香66	两系杂交稻	ⅠA	192	新两优98	两系杂交稻	ⅠB	225	中优1671	三系杂交稻	ⅠA
160	Y两优1号	两系杂交稻	ⅠA	193	安两优821	两系杂交稻	ⅠA	226	协优63	三系杂交稻	ⅠA
161	Y两优9918	两系杂交稻	ⅠA	194	常两优2号	两系杂交稻	ⅠB	227	80优121	三系杂交稻	ⅠA
162	深两优865	两系杂交稻	ⅠA	195	丰两优80	两系杂交稻	ⅠA	228	Ⅲ优98	三系杂交稻	ⅠA
163	新华两优9号	两系杂交稻	ⅠA	196	中浙优8号	三系杂交稻	ⅠA	229	协优9019	三系杂交稻	ⅠA
164	华两优1206	两系杂交稻	ⅠA	197	甬优10号	三系杂交稻	ⅡA	230	协优58	三系杂交稻	ⅠA
165	C两优608	两系杂交稻	ⅠA	198	春优84	三系杂交稻	ⅡA	231	丰优293	三系杂交稻	ⅡA
166	两优363	两系杂交稻	ⅠA	199	浙优18	三系杂交稻	ⅡA	232	Ⅱ优107	三系杂交稻	ⅠA
167	丰两优晚三	两系杂交稻	ⅠA	200	钱优0508	三系杂交稻	ⅠA	233	庐优855	三系杂交稻	ⅠA
168	广两优1128	两系杂交稻	ⅠA	201	扬籼优418	三系杂交稻	ⅠA	234	怀优4号	三系杂交稻	ⅠB
169	II优98	两系杂交稻	ⅠA	202	甬优538	三系杂交稻	ⅡA	235	新隆优1	三系杂交稻	ⅠA
170	科两优889	两系杂交稻	ⅠA	203	科优8377	三系杂交稻	ⅠA	236	丰晚籼优1号	三系杂交稻	ⅠA
171	徽两优5号	两系杂交稻	ⅠA	204	川香优2号	三系杂交稻	ⅠA	237	辐优138	三系杂交稻	ⅠA
172	隆两优6号	两系杂交稻	ⅠA	205	甬优1540	三系杂交稻	ⅡA	238	天优81	三系杂交稻	ⅠA
173	丰两优9号	两系杂交稻	ⅠA	206	T优15	三系杂交稻	ⅠA	239	开优8号	三系杂交稻	ⅠA
174	II优1256	两系杂交稻	ⅠA	207	丰优9号	三系杂交稻	ⅠA	240	中2优1286	三系杂交稻	ⅠB
175	深两优862	两系杂交稻	ⅠA	208	浙糯优1号	三系杂交稻	ⅡA	241	新隆粳3号	三系杂交稻	ⅠA
176	两优6326	两系杂交稻	ⅠA	209	宜优673	三系杂交稻	ⅠA	242	Ⅱ优8号	三系杂交稻	ⅠA
177	C两优华占	两系杂交稻	ⅠA	210	天优998	三系杂交稻	ⅠA	243	辐优155	三系杂交稻	ⅠA
178	丰两优香1号	两系杂交稻	ⅠA	211	五优308	三系杂交稻	ⅠA	244	丰优512	三系杂交稻	ⅡA
179	徽两优6号	两系杂交稻	ⅠA	212	嘉禾优555	三系杂交稻	ⅡA	245	辐优136	三系杂交稻	ⅠA
180	两优688	两系杂交稻	ⅠA	213	欣荣优华占	三系杂交稻	ⅠA

Table 1

Table 2

InDel markers and corresponding primer sequences"

序号 Number	基因座位 Gene locus	InDel位点 InDel point	性状 Character	基因 Gene	上游引物 Upstream primer (5′-3′)	下游引物 Downstream primer (5′-3′)
1	LOC_Os01g02890	vf0101045823	穗型	sui1	TCTGCCATTGACGGTTACCT	TCAGTCAAAACCACCAGGGA
2	LOC_Os01g02890	vf0101045824	穗型	sui1	TCTGCCATTGACGGTTACCT	TCAGTCAAAACCACCAGGGA
3	LOC_Os01g02890	vf0101046394	穗型	sui1	CCCCCAAAAAAATATTGCAAATGG	CAAAGAAGGGTGGTCTGCTG
4	LOC_Os01g02890	vf0101046400	穗型	sui1	CCCCCAAAAAAATATTGCAAATGG	CAAAGAAGGGTGGTCTGCTG
5	LOC_Os01g02890	vf0101046696	穗型	sui1	CGCAGGTCAAATCGTCGAAT	GTGGACAACATGAAATGGTCCA
6	LOC_Os01g02890	vf0101047729	穗型	sui1	AAGGATTCCTTTTTGTTGATATGTCA	AGAAGGTGCCTGAAGAAATGAATAA
7	LOC_Os01g08700	vf0104337406	抽穗期	OsGI	TTCAACCAATCCGGACCTCA	TTTCTCGCCTCTCCTTCCTC
8	LOC_Os01g08700	vf0104337480	抽穗期	OsGI	GGAGGAGAGAGAGAGGGAGA	GGAAATAGCGCGGCCACT
9	LOC_Os01g10110	vf0105274528	每穗实粒数	Gn1a; OsCKX2	ATCCTGACCTGCTCTTGCTT	ATAGGCCACCTTGTCCCTTC
10	LOC_Os01g38530	vf0121638848	抽穗期、千粒重	OsEF3	CGAGCTCGCTTAAATCCTTGG	TCTTTCTAGCCTTGTTTCTGCA
11	LOC_Os01g38530	vf0121641804	抽穗期、千粒重	OsEF3	CATCACCTTCCCCCTCTCC	TCCTTCCTTTCCTCGACCTG
12	LOC_Os01g38530	vf0121641930	抽穗期、千粒重	OsEF3	CAGGTCGAGGAAAGGAAGGA	CCTTCGCCTTCCATTCCATG
13	LOC_Os01g39630	vf0122357349	雌性不育、雄性不育	RAD51C	ACTTGGGAGGTTGAGGATGG	CAACGTGCCTCATCACTCTG
14	LOC_Os01g39680	vf0122381968	花粉败育	Sa; SaM;SaF	GGGATTGAAGATGCGTGCAT	TGGGGTAGACGGGGAGATAA
15	LOC_Os01g39680	vf0122381972	花粉败育	Sa; SaM;SaF	GTCATGCTGTTGTTGCCGTA	TGGGGTAGACGGGGAGATAA
16	LOC_Os01g40630	vf0122956069	株型	LOG	CGTACGTAATGCAGTGGTCA	ATCGCATTTGCCTTGCCTTC
17	LOC_Os01g40630	vf0122956073	株型	LOG	CGTACGTAATGCAGTGGTCA	ATCGCATTTGCCTTGCCTTC
18	LOC_Os01g40630	vf0122956997	株型	LOG	GGCCCCAGATGCATTCAAAA	AGATTGGGGGTAGGAGGAGT
19	LOC_Os01g40630	vf0122957399	株型	LOG	CCAAAAGGTGGGGGAGAGA	ATCATGATTGCTGGCGAGC
20	LOC_Os01g47710	vf0127287637	穗型	DWT1	TGCAAGATATATTAGAACCCTAGCT	GCTGTACTAGTTAAGTGGCCC
21	LOC_Os01g62920	vf0136444446	落粒性	qSH1	TCAATCTCTCTATAGCCCGCA	GCGACATGGCTTGATGATCA
22	LOC_Os01g65900	vf0138261366	株高	OsPH1	TTTGGGAGTTGCAGGTTGTG	AAGGTCCTGATCGTGTGGAG
23	LOC_Os01g65900	vf0138264444	株高	OsPH1	ACGGAAATGGGAAGGAGAGG	CCACTCGCTATCCCCAACC
24	LOC_Os01g65900	vf0138264465	株高	OsPH1	ACGGAAATGGGAAGGAGAGG	CCACTCGCTATCCCCAACC
25	LOC_Os01g66100	vf0138384219	株高	sd1; GA20ox-2	GGAACGAACAGAAGCCGATT	AGCGGTAGGGTCCAAAATTG
26	LOC_Os01g70220	vf0140362882	抽穗期	SDG714	GGGAGTAGGAGCAGAGCAAA	TGCACTGCCAAACTTATGCA
27	LOC_Os01g72090	vf0141823973	抽穗期	Se13; OsHY2	CGAAGCTGACGAACTTGTGG	ACACAACTACTACTTGCCACTG
28	LOC_Os01g72090	vf0141824002	抽穗期	Se13; OsHY2	CGAAGCTGACGAACTTGTGG	GCAGGGACAGATGTGGCTAA
29	LOC_Os02g05840	vf0202882064	叶角度、抽穗期	LC2; OsVIL3	GTGGATCCATGGCGAATTGG	GAAGAGGAGGGGAGAGTCCA
30	LOC_Os02g07430	vf0203833298	子粒形状	OsMADS29	CCAGTTCAGTAGTTCACACACC	TCAATTGTTCATCGTTCTGGACA
31	LOC_Os02g10900	vf0205785307	叶色	RLS1	GGCGCCATCAGGTCTATACT	TAGTTGCCTCTGTGGAAGCT
32	LOC_Os02g15950	vf0209042087	穗型	EP3; LP	TGAGCATAAGAAGCTGAAAAGAAA	GGAGCTGAGAGGGAAAGAGG
序号 Number	基因座位 Gene locus	InDel位点 InDel point	性状 Character	基因 Gene	上游引物 Upstream primer (5′-3′)	下游引物 Downstream primer (5′-3′)
33	LOC_Os02g15950	vf0209042088	穗型	EP3; LP	TGAGCATAAGAAGCTGAAAAGAAA	GGAGCTGAGAGGGAAAGAGG
34	LOC_Os02g17380	vf0209993979	育性恢复基因	Rf2; Rfx	CCACAGATCGGTGAAGGACT	ATGGGAGAGAGGAGGAAAGC
35	LOC_Os02g36974	vf0222330733	株高	GID2	ACTGATGAAGTCCGAGCATCA	ACAGAACAAACTGGTAGGCCT
36	LOC_Os02g39710	vf0223985186	抽穗期	OsCOL4	TTCTGAGGAAGGACGTACGC	TTATTCATGTCACACGGGGC
37	LOC_Os02g49230	vf0230092882	抽穗期	DTH2	GGCAAGCATGATCACTGGAG	TGAGCTTCTCGCATGTTTGC
38	LOC_Os02g49230	vf0230093556	抽穗期	DTH2	GTAAATCTAGCGCGAGGTCG	GTCGCGGAGTCAGAGTCG
39	LOC_Os02g50240	vf0230668947	株高、抽穗期、子粒灌浆程度	OsGS1; GS1;OsGS1;1 ; OsGLN1;1 ; OsGS28	TAACGCAAAAGCCACGGC	CGGTACTTGTCCCATCCTGT
40	LOC_Os02g50240	vf0230669103	株高、抽穗期、子粒灌浆程度	OsGS1; GS1;OsGS1;1 ; OsGLN1;1 ; OsGS28	TACACAAGAGCACCCAAACG	TGGTTGCATGCTACCACTAC
41	LOC_Os02g52710	vf0232242495	种子萌发	RAmy1A	CCAGTACAATCGAACCAAGCA	CCACGAAGTACTTCCTCCGT
42	LOC_Os02g53690	vf0232835334	抽穗期	OsGRF1; rhd1	AAGAAGTGGCGGAGAGGTTT	GCCGTACGCCATTGATCTTT
43	LOC_Os02g56100	vf0234327302	叶色	RNRL2	AGCCATATAATTATATGAGCAAAATCCA	AGACGATACTACCTCCATCCTAAAA
44	LOC_Os03g02160	vf0300718538	抽穗期	Ehd4	GAAGCAACTGTCACCCATGG	TACCTGCTCAACCAATCCCC
45	LOC_Os03g07510	vf0303822183	粒型、千粒重	PGL1	TGAGAAGGAGAAGGAGCACG	CCGTGAAATTCCGGTGGATT
46	LOC_Os03g07530	vf0303833269	每穗粒数、子粒大小	OsFBK12	GGGGCAGAAGCATTAGAAGC	CGAGAAAAATCCCCACCACC
47	LOC_Os03g12660	vf0306742028	叶角度	OsDWARF4; CYP90B2	GAAGGTCATCAAGGACGTGC	TAACACCGGCAGGATCTTCC
48	LOC_Os03g13370	vf0307210547	株高、穗长、子粒大小	OsAPC6	CAACCGTGCATCCTACCAAG	GGTGCAGAGGTAGCAGATGT
49	LOC_Os03g22510	vf0312928893	株高	OsSIN	CTAGTCCGGCCGTACATGAA	AGTTTCTTGTGTGACGCGTG
50	LOC_Os03g44500	vf0325040498	粒型	qGL3	TCAATTCGGAGCCAAACAAGA	GGTGGCGAATGGAGTTTGAT
51	LOC_Os03g57940	vf0332993034	抽穗期	CKI; EL1; Hd16	ATCGGGTGATGGAGATGCTC	CTGAGGCATTCATCGCCATC
52	LOC_Os04g46470	vf0427385522	株高	OsCCD7; htd1; sd-t; dit1	CCATGATCTTAACCCATTCGACA	TGGCTCGCATTAAGTGATGC
53	LOC_Os04g52479	vf0431018471	叶型	Nal1; qFLW4	GTGTAGTTGGTGTTCCTCGC	GAGAGTGCTGGGAATCTGGA
54	LOC_Os04g52479	vf0431018961	叶型	Nal1; qFLW4	GGTGGAGGACAGGTGGTATC	CAAACAACTCAGCCGCCAT
55	LOC_Os04g52479	vf0431019024	叶型	Nal1; qFLW4	GGTGGTATCTTGTGCCGTCT	AAACAAACAACTCAGCCGCC
56	LOC_Os04g55560	vf0432886736	落粒性	SHAT1	ACTTGCATAGCCCAACAAGG	GTCTTGGACTCTTGGCACTG
57	LOC_Os05g05240	vf0502572700	粒型、千粒重	OsPPKL2	TGACGCTTCAGTGTTCAGTG	GTGTAGATGAGAGGGACCGG
58	LOC_Os05g06660	vf0503443553	千粒重、结实率、粒型	GS5	CATTGACGAGCTGAAGCACA	GCGCAACAGTGAGCTATAGC
59	LOC_Os05g09520	vf0505366461	粒型	qSW5/ GW5	GCCCGAACTACATGTCCAAC	CTCCACCACCACCACCTC
60	LOC_Os05g50270	vf0528755831	叶型、茎秆节数	NL1	GATGCGGCTTCATCACCG	CGGTGGGACGACGTTGAG
61	LOC_Os06g03710	vf0601465089	株高	DLT; OsGRAS-32;D62	GTACAGCGGCTGGTCCAG	CATGATCGCGAGGATGTTCG
62	LOC_Os06g03710	vf0601466875	株高	DLT; OsGRAS-32;D62	GTGCCAAGAAGAGACCTCCT	AGCCTTAGCCAGATACCACA
63	LOC_Os06g03710	vf0601467535	株高	DLT; OsGRAS-32;D62	GGAGATGGAGATGCAGCCTA	TTCTTCCCTTCCCTTCCACC
64	LOC_Os06g03710	vf0601467561	株高	DLT; OsGRAS-32;D62	TGTTGCCTCACCATTACCAC	TTCTTCCCTTCCCTTCCACC
65	LOC_Os06g04200	vf0601764669	淀粉	wx; qGC-6; Wx-mq; Wx-op	CAAATAGCCACCCACACCAC	ACAACAGAACAACACAAGCAGA
66	LOC_Os06g04200	vf0601764698	淀粉	wx; qGC-6; Wx-mq; Wx-op	CACCCCCTCTCTCACCATTC	ACAACAGAACAACACAAGCAGA
67	LOC_Os06g06050	vf0602779752	株型、株高	D3	TATCACTTCGCTGTGTGGCT	CCATGGGCGACGTCTACTC
68	LOC_Os06g06050	vf0602779803	株型、株高	D3	CACTCGCTTCACCCCAAATC	CGTCAGGAAGCTCAGGATGT
69	LOC_Os06g06050	vf0602779807	株型、株高	D3	CACTCGCTTCACCCCAAATC	CGTCAGGAAGCTCAGGATGT
70	LOC_Os06g06050	vf0602779824	株型、株高	D3	GAGTAGACGTCGCCCATGG	CGTCAGGAAGCTCAGGATGT
71	LOC_Os06g06050	vf0602780108	株型、株高	D3	CTGGAACACCTCGACCTCTC	GATGAAGGCGTTCTGCTCG
72	LOC_Os06g06560	vf0603085679	糊化温度	OsSSI; SSS1	GTCGCCATGATCCCCCCT	CTCAGCCCACTCCTCTCTCT
73	LOC_Os06g06560	vf0603085750	糊化温度	OsSSI; SSS1	AGAGAGAGGAGTGGGCTGAG	AGCGAACCAGCTCATCCAC
74	LOC_Os06g16370	vf0609336003	抽穗期	Hd1	GACGAGGAGGTGGACTCTTG	ACATGCCGTTGTTGCTGC
75	LOC_Os06g16370	vf0609336027	抽穗期	Hd1	GACGAGGAGGTGGACTCTTG	ACATGCCGTTGTTGCTGC
76	LOC_Os06g16370	vf0609336033	抽穗期	Hd1	GACGAGGAGGTGGACTCTTG	GATGCGGTTGTCGTAGTACG
77	LOC_Os06g40780	vf0624311155	株高	OsPNH1	GACATTCCATCCAAGGGTGC	AGAGAGGGCAGTGAACACTC
78	LOC_Os06g40780	vf0624311160	株型	MOC1	GACATTCCATCCAAGGGTGC	AGAGAGGGCAGTGAACACTC
79	LOC_Os06g44034	vf0626555168	株高、分蘖数	sdt; OsmiR156h	CCATTTGCTGCTGTTCCCTT	TGCAGAGACTTGCAGCTAGT
80	LOC_Os06g44100	vf0626592286	株高、分蘖数	sdt; OsmiR156h	GCTCGACGCAGAGAGACAT	GTTCACGACCACGCCGAC
81	LOC_Os07g11020	vf0706067072	株高、分蘖数	OsTRXh1	GCATCCTGATGATTGTTCCCA	TCTTTCAGCACATGGTTGGC
82	LOC_Os07g11020	vf0706068130	种皮、果皮红	Rc; qSD7-1;qPC7	AGGTGTCCATCATCGAGAGC	GAGCTCCTGCATCGCCTG
83	LOC_Os07g41200	vf0724668239	粒型	GL7; GW7	CTCACGCACATCCAACTGC	CACATCTCATCTCACGCGTC
84	LOC_Os07g41200	vf0724668280	粒型	GL7; GW7	GAAAGCCAAGGAGCAAGCAG	CTCTCCCTCTCCTCACGACA
85	LOC_Os07g41370	vf0724787521	穗型	OsMADS18	CCTCCCCCCATTTCCATCTT	ATCTTGTTCTCGATCCGCCG
86	LOC_Os07g41370	vf0724787522	穗型	OsMADS18	CCTCCCCCCATTTCCATCTT	ATCTTGTTCTCGATCCGCCG
序号 Number	基因座位 Gene locus	InDel位点 InDel point	性状 Character	基因 Gene	上游引物 Upstream primer (5′-3′)	下游引物 Downstream primer (5′-3′)
87	LOC_Os07g41370	vf0724787544	穗型	OsMADS18	CCTCCCCCCATTTCCATCTT	AGAAGGTCACCTGCCTGTTT
88	LOC_Os07g49460	vf0729615794	抽穗期	DTH7; Ghd7.1; OsPRR37	CCGCCCTCCCCAATATCTAG	AAGTTACCTGCGGTTGGTTG
89	LOC_Os07g49460	vf0729626365	抽穗期	DTH7; Ghd7.1; OsPRR37	CAAACTCAGATGCTGCACCA	GCTGTGCAGGATGAAATGCT
90	LOC_Os08g07740	vf0804332913	子粒产量、株高和抽穗期	Ghd8	GTCTAAACCATTGCACGCCA	TGATGGAGTTCGAGGGCATC
91	LOC_Os08g07740	vf0804332925	子粒产量、株高和抽穗期	Ghd8	GTCTAAACCATTGCACGCCA	TGATGGAGTTCGAGGGCATC
92	LOC_Os08g07740	vf0804334115	子粒产量、株高和抽穗期	Ghd8	ACCTATGCAAAGTGAGTAGAGATT	ATGCGCTGCACACATGTAAT
93	LOC_Os08g07740	vf0804334118	子粒产量、株高和抽穗期	Ghd8	ACCTATGCAAAGTGAGTAGAGATT	ATGCGCTGCACACATGTAAT
94	LOC_Os08g07740	vf0804334120	子粒产量、株高和抽穗期	Ghd8	ACCTATGCAAAGTGAGTAGAGATT	ATGCGCTGCACACATGTAAT
95	LOC_Os08g07740	vf0804334201	子粒产量、株高和抽穗期	Ghd8	AACTTGGTTGTTTGCATTACATGTG	TGATCATCACCTAAGATTTTTTAGTCTT
96	LOC_Os08g08840	vf0805138735	淀粉合成	OsGPT	CTTGGGGCTCTCCTACGATC	CCGCGGAAACAACAACAGAA
97	LOC_Os08g30910	vf0819086011	抽穗期	SDG710	CAGGCCTCTGCATAGCTGAT	CTGAGCAATCGCAACCATGA
98	LOC_Os08g31470	vf0819461558	株型	PAY1	CAGGTACCGTTCTCCCCG	GCGAGCTTCTTGGATCTGTG
99	LOC_Os08g31470	vf0819461562	株型	PAY1	CAGGTACCGTTCTCCCCG	GCGAGCTTCTTGGATCTGTG
100	LOC_Os08g31470	vf0819461571	株型	PAY1	CAGGTACCGTTCTCCCCG	GCGAGCTTCTTGGATCTGTG
101	LOC_Os08g31470	vf0819462009	株型	PAY1	GCTCTTCTCGTGCTTGGATG	CCAGCCGAAGCAGAATCAAT
102	LOC_Os08g41940	vf0826498477	千粒重	qGW8; OsSPL16	CACGGAATCGAGAGTGAGGA	CGGCATCTTGAGATCCCACT
103	LOC_Os08g41940	vf0826502759	千粒重	qGW8; OsSPL16	AGCCACTTCTGAAGACGGTA	GAGCACTTGTGTCAACCCAC
104	LOC_Os09g02650	vf0901157494	茎秆强度、株高	BC12	GCATCAGTAGCAGTAGCAGC	CGGAGCCAATAAGGAGGATTC
105	LOC_Os09g02650	vf0901157501	茎秆强度、株高	BC12	GCATCAGTAGCAGTAGCAGC	CGGAGCCAATAAGGAGGATTC
106	LOC_Os09g27620	vf0916785562	不育	tms9-1	CCTGTGCTTCGCGATCAAC	GTGTAGCAGGTGGCCTCTG
107	LOC_Os09g27620	vf0916785573	不育	tms9-1	CCTGTGCTTCGCGATCAAC	GTGTAGCAGGTGGCCTCTG
108	LOC_Os09g35980	vf0920731230	分蘖角度	TAC1	CATCACTGGCGAGCGAATAG	CCATGCATATCGTCGACAGC
109	LOC_Os10g28330	vf1014668336	抽穗期	Ehd2	ACTGGTCATTGAGTTGCTGC	GCACATTGACACCTGCAGAG
110	LOC_Os10g28330	vf1014668338	抽穗期	Ehd2	ACTGGTCATTGAGTTGCTGC	GCACATTGACACCTGCAGAG
111	LOC_Os11g05850	vf1102731154	粒型、千粒重	CycT1;3	CCCACAAGTAGCTGCAGTTG	TGCCATTGACCCAACCTAGT
112	LOC_Os11g12740	vf1107189229	穗型	SP1	AACTACTACCTTTTGACTTGACCT	TGGATGTATATGAGTCCCCACC
113	LOC_Os11g12740	vf1107189401	穗型	SP1	ACATCCACCCTTACTAATATTTTTCCA	GAGCAGCAGGAGGAGAAGG
114	LOC_Os11g12740	vf1107189651	穗型	SP1	CGAGGAGCCAGTAGAAGAGG	TTCTACCTCAGCTCCCTCCT
115	LOC_Os11g12740	vf1107189878	穗型	SP1	GTGAACATCTCGGACACGC	CCGTCACCTTCTCCATGGT
116	LOC_Os11g12740	vf1107190696	穗型	SP1	TTTGTTGATGCGGTGGACAG	GGCGGTAACCAAGAGGAAAC
117	LOC_Os11g12740	vf1107192768	穗型	SP1	GCGTTGAAGTAGCTCGACAG	CCTCAAGCCCAACATCATCG
118	LOC_Os11g29840	vf1116855382	株型	LA1	AGCGGCCTTCTCACCATC	GTCCTCGACGGTGAAGCC
119	LOC_Os11g29840	vf1116855390	株型	LA1	AGCGGCCTTCTCACCATC	GTCCTCGACGGTGAAGCC
120	LOC_Os11g29840	vf1116857535	株型	LA1	CACAGGAAAGTCTACCCCGA	CCTCATGGGATGGTCCTTCC
121	LOC_Os11g29840	vf1116857536	株型	LA1	CACAGGAAAGTCTACCCCGA	CCTCATGGGATGGTCCTTCC
122	LOC_Os11g29840	vf1116857537	株型	LA1	CACAGGAAAGTCTACCCCGA	CCTCATGGGATGGTCCTTCC
123	LOC_Os12g36030	vf1222017077	不育	pms3; p/tms12-1; IncRNA; LDM	GTTCATGTTGCTTCCTAACCGA	AGGCTACGTACACTGCACAA
124	LOC_Os12g36890	vf1222573212	叶型、穗型	OsCD1	GGTGAATATCGTCCCGGAGA	CCGAGTTCGTGCACTACAC

Table 2

Fig.1

Fig.2

Fig.3

References 33

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Screening and Application of Functional Insertion-Deletion Markers (InDel) in Rice

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