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作物杂志,2025, 第2期: 74–78 doi: 10.16035/j.issn.1001-7283.2025.02.010

• 遗传育种·种质资源·生物技术 • 上一篇    下一篇

基于SNP芯片对96份糯玉米自交系遗传多样性分析

李文跃1(), 于滔1, 曹士亮1, 马雪娜1, 唐贵2, 高利3, 杨耿斌1()   

  1. 1黑龙江省农业科学院玉米研究所/农业农村部东北北部玉米生物学与遗传重点实验室，150000，黑龙江哈尔滨
    2黑龙江省农业科学院乡村振兴研究所，150000，黑龙江哈尔滨
    3黑龙江省农业科学院绥化分院，152000，黑龙江绥化
  • 收稿日期:2024-01-30 修回日期:2024-03-30 出版日期:2025-04-15 发布日期:2025-04-16
  • 通讯作者: 杨耿斌
  • 作者简介:李文跃，主要从事玉米分子育种工作，E-mail：569990044@qq.com
  • 基金资助:
    黑龙江省农业科学院院级科研项目(2020FJZX042);黑龙江省省属科研院所科研业务费(CZKYF2023-1-A003);黑龙江省农业科技创新跨越工程(CX23TS02);黑龙江省农业科技创新跨越工程(CX23ZD05);博士后研究人员落户黑龙江科研启动资金

Genetic Diversity Analysis of 96 Waxy Maize Inbred Lines Based on SNP Chip

Li Wenyue1(), Yu Tao1, Cao Shiliang1, Ma Xuena1, Tang Gui2, Gao Li3, Yang Gengbin1()   

  1. 1Maize Research Institute, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences / Key Laboratory of Maize Biology and Genetics in the Northern Part of Northeast China, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Harbin 150000, Heilongjiang, China
    2Rural Revitalization Research Institute, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin 150000, Heilongjiang, China
    3Suihua Branch, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Suihua 152000, Heilongjiang, China
  • Received:2024-01-30 Revised:2024-03-30 Online:2025-04-15 Published:2025-04-16
  • Contact: Yang Gengbin

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摘要： 近年来，糯玉米（Zea mays L. var. certaina Kulesh）因其独特的口感而广受欢迎，成为备受人们喜爱的农产品。然而，在糯玉米自交系方面，目前并没有明确的类群划分。为了提高东北地区鲜食糯玉米育种的效率，利用Maize 6H-60K基因芯片对来自东北地区的96份糯玉米自交系进行基因型分析。结果表明，在96份自交系中，14 312个SNP标记检测到基因多样性为0.098~0.500，平均值0.387；最小等位基因频率（MAF）为0~0.5，平均值0.380；多态性信息量（PIC）为0.094~0.375，平均值0.306。96份材料最终划分为3个类群，A类群为垦粘1母本血缘群，B类群为先糯父本血缘群，C类群为垦粘1父本血缘群。

关键词: 糯玉米, SNP, 类群划分, 遗传分析

Abstract:

In recent years, waxy maize has been popular due to its unique texture and has become a favoured agricultural product widespread popularity. However, for waxy maize inbred lines, currently no clear classification has been reported. In order to improve the efficiency of fresh glutinous corn breeding in the Northeast of China, this study utilized the Maize 6H-60K gene chip to conduct genotype analysis on 96 waxy corn inbred lines from the Northeast of China. The results showed that among the 96 inbred lines, the gene diversity detected by 14 312 SNP markers ranged from 0.098 to 0.500, with an average of 0.387. The minimum allele frequency ranged from 0 to 0.5, with an average of 0.380, and the polymorphic information content ranged from 0.094 to 0.375, with an average of 0.306. The 96 materials were ultimately classified into three clusters, group A was the Kennian 1 maternal group, group B was the Xiannuo paternal group, and group C was the Kennian 1 paternal group.

Key words: Waxy maize, SNP, Group division, Genetic analysis

图1

96份糯玉米遗传距离分布比例

图2

最小等位基因频率柱状图

表1

基因型总结

项目Item 数值Numeric
样品数量Sample number 96
标记数量Number of markers 38 693
杂合比例Heterozygous ratio 0.034
最小等位基因频率Minimum allele frequency 0.380
基因多样性Gene diversity 0.387
PIC 0.306

图3

ΔK变化曲线

图4

96份糯玉米自交系主成分分析

图5

96份糯玉米自交系聚类分析

图6

96份糯玉米自交系群体遗传结构分析

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