作物杂志,2019, 第4期: 84–93 doi: 10.16035/j.issn.1001-7283.2019.04.013

• 遗传育种·种质资源·生物技术 • 上一篇    下一篇

水稻功能性插入缺失标记(InDel)的筛选与应用

王钰,马卉,许学,秦瑞英,杨剑波,汪秀峰   

  1. 安徽省农业科学院水稻研究所,230031,安徽合肥
  • 收稿日期:2019-03-13 修回日期:2019-04-18 出版日期:2019-08-15 发布日期:2019-08-06
  • 通讯作者: 汪秀峰
  • 作者简介:王钰,硕士,研究方向为种子分子检测;马卉为共同第一作者,副研究员,研究方向为农作物分子检测
  • 基金资助:
    国家科技支撑计划(2015BAD02B02);青年科学基金(31601289);院长青年创新基金(17B0102)

Screening and Application of Functional Insertion-Deletion Markers (InDel) in Rice

Wang Yu,Ma Hui,Xu Xue,Qin Ruiying,Yang Jianbo,Wang Xiufeng   

  1. Rice Research Institute, Anhui Academy of Agricultural Sciences, Hefei 230031, Anhui, China
  • Received:2019-03-13 Revised:2019-04-18 Online:2019-08-15 Published:2019-08-06
  • Contact: Xiufeng Wang

摘要:

开展水稻品种纯度和真实性鉴定对水稻遗传育种和种子生产有着重要的意义。以245个长江中下游主推水稻品种为研究材料,从643个插入缺失(InDel)位点中筛选出124个功能性多态性位点,建立了InDel高效检测体系。进一步利用InDel标记vf0121641804和SSR标记RM7120分析水稻样品的纯度,同时选用覆盖12条染色体的24对InDel引物和48对SSR标准引物分析水稻品种真实性,结果表明,采用InDel标记检测水稻品种纯度和真实性的结果与采用SSR标记检测结果一致,说明水稻功能性InDel标记也可用于水稻品种纯度和品种真实性的鉴定。在此基础上,鉴定了245个水稻品种124个InDel标记的基因型遗传多样性并进行了聚类分析,结果表明,水稻材料间存在明显的群体结构,基本反映了不同品种间的亲缘关系。水稻功能性InDel标记的筛选与应用,不仅为品种纯度和真实性鉴定、遗传多样性分析提供了新方法;而且可用于分子辅助育种,提高强优势组合的预见性。

关键词: 水稻, InDel, 多态性位点, 品种纯度, 品种真实性, 遗传多样性

Abstract:

The identification of the purity and authenticity of rice varieties has important significance for rice improvement and breeding. In this study, we identified 124 highly polymorphic funcitional insertion-deletion (InDel) loci from 643 InDel loci in rice genome using 245 rice varieties which were main pushed in the Yangtze River. We also developed an efficient detection system of InDel genotypes. We detected the purity of rice variety using InDel marker vf0121641804 and SSR marker RM7120 and analyzed the authenticity of rice varieties using 24 InDel markers and 48 standard SSR marker disturbing rice 12 chromosomes. Results showed that rice purity and authenticity detected using InDel marker were similar to those using SSR markers. At the same time, we analyzed the genotypes of 245 rice varieties using 124 InDel markers. The results showed that there was a distinct group structure between all surveyed samples, reflecting to the kinship between different varieties. The development of functional InDel markers provides new methods for the identification of the purity and authenticity of rice varieties and for the analysis of genetic diversity, which is also helpful to the prediction of hybrid rice with strong heterosis in molecular breeding in the future.

Key words: Rice, InDel, Polymorphism site, Purity of variety, Authenticity of variety, Genetic diversity

表1

供试水稻品种的名称、类型及类群"

编号
Number
品种
Variety
类型
Type
类群
Group
编号
Number
品种
Variety
类型
Type
类群
Group
编号
Number
品种
Variety
类型
Type
类群
Group
1 绍糯9714 常规种/亲本 ⅡA 50 恢52 常规种/亲本 ⅠA 99 沪恢6号 常规种/亲本 ⅠA
2 高科1号 常规种/亲本 ⅠA 51 密阳46 常规种/亲本 ⅠB 100 cp120 常规种/亲本 ⅠA
3 泸香658 常规种/亲本 ⅠA 52 9311 常规种/亲本 ⅠA 101 恢527 常规种/亲本 ⅠA
4 德香4103 常规种/亲本 ⅠA 53 RH003 常规种/亲本 ⅠA 102 898 常规种/亲本 ⅠA
5 浙农34 常规种/亲本 ⅠA 54 ZH128 常规种/亲本 ⅠA 103 盐559 常规种/亲本 ⅠA
6 中嘉早17 常规种/亲本 ⅠA 55 红98 常规种/亲本 ⅠA 104 零57 常规种/亲本 ⅠA
7 嘉兴8号 常规种/亲本 ⅠA 56 R6547 常规种/亲本 ⅠA 105 明63 常规种/亲本 ⅠA
8 镇稻15 常规种/亲本 ⅠA 57 R118 常规种/亲本 ⅠA 106 IR50迟穗 常规种/亲本 ⅠA
9 淮稻12 常规种/亲本 ⅠA 58 安香2号 常规种/亲本 ⅠA 107 杨6无芒 常规种/亲本 ⅠA
10 皖稻68 常规种/亲本 ⅠA 59 川香6号 常规种/亲本 ⅠA 108 特青 常规种/亲本 ⅡA
11 黄糯2号 常规种/亲本 ⅠA 60 明恢100 常规种/亲本 ⅠA 109 成恢448 常规种/亲本 ⅠA
12 皖垦糯1号 常规种/亲本 ⅠA 61 明恢77 常规种/亲本 ⅠA 110 镇江084 常规种/亲本 ⅠA
13 中优838 常规种/亲本 ⅠA 62 黥香恢788 常规种/亲本 ⅠA 111 培矮64 常规种/亲本 ⅠA
14 皖稻197 常规种/亲本 ⅠA 63 测64 常规种/亲本 ⅠA 112 Li7954 常规种/亲本 ⅠA
15 嘉育253 常规种/亲本 ⅠA 64 创丰占 常规种/亲本 ⅠA 113 万恢88 常规种/亲本 ⅠA
16 新强8号 常规种/亲本 ⅠA 65 奉化占 常规种/亲本 ⅠA 114 R602 常规种/亲本 ⅠA
17 五山丝苗 常规种/亲本 ⅠA 66 丰美占 常规种/亲本 ⅠA 115 Liu3149 常规种/亲本 ⅠA
18 粳糯4921 常规种/亲本 ⅠA 67 广香籼 常规种/亲本 ⅠA 116 明恢1273 常规种/亲本 ⅠA
19 竹舟5号 常规种/亲本 ⅠA 68 黄华占 常规种/亲本 ⅠA 117 m125 常规种/亲本 ⅠA
20 早籼65 常规种/亲本 ⅠA 69 皖籼316 常规种/亲本 ⅠA 118 R-725 常规种/亲本 ⅠA
21 绿稻24 常规种/亲本 ⅡA 70 早籼14 常规种/亲本 ⅠA 119 南京16 常规种/亲本 ⅠA
22 金奉19 常规种/亲本 ⅡA 71 皖稻89 常规种/亲本 ⅠA 120 中香1号 常规种/亲本 ⅠA
23 皖稻113 常规种/亲本 ⅠA 72 中籼898 常规种/亲本 ⅠA 121 粤航1号 常规种/亲本 ⅠA
24 安选6号 常规种/亲本 ⅠA 73 中籼352 常规种/亲本 ⅠA 122 R1846 常规种/亲本 ⅠA
25 早籼15 常规种/亲本 ⅠA 74 盐稻8号 常规种/亲本 ⅠA 123 N456 常规种/亲本 ⅠA
26 皖稻141 常规种/亲本 ⅠA 75 泰国籼 常规种/亲本 ⅡA 124 R-11 常规种/亲本 ⅠA
27 丰优58 常规种/亲本 ⅠA 76 中香6号 常规种/亲本 ⅠA 125 海南常规稻 常规种/亲本 ⅠA
28 皖稻173 常规种/亲本 ⅠA 77 3263 常规种/亲本 ⅠA 126 肖37878 常规种/亲本 ⅠA
29 W262 常规种/亲本 ⅠA 78 镇籼96 常规种/亲本 ⅠA 127 KL90(童) 常规种/亲本 ⅠA
30 皖稻84 常规种/亲本 ⅠA 79 C4115 常规种/亲本 ⅠA 128 Liu矮 常规种/亲本 ⅠA
31 绿旱1号 常规种/亲本 ⅠA 80 NIJR05 常规种/亲本 ⅡA 129 创优2号 常规种/亲本 ⅠA
32 滁9507 常规种/亲本 ⅠA 81 武运粳14 常规种/亲本 ⅡA 130 IR24(尹) 常规种/亲本 ⅠA
33 川农1号 常规种/亲本 ⅠA 82 凡7 常规种/亲本 ⅡA 131 CO39(尹) 常规种/亲本 ⅠA
34 协优009 常规种/亲本 ⅠA 83 R18 常规种/亲本 ⅡA 132 明86(夏) 常规种/亲本 ⅠA
35 R96-2 常规种/亲本 ⅠA 84 C418 常规种/亲本 ⅠA 133 丰华占 常规种/亲本 ⅠA
36 丰优188 常规种/亲本 ⅠA 85 HP121 常规种/亲本 ⅠA 134 明恢86 常规种/亲本 ⅠA
37 中早33 常规种/亲本 ⅠA 86 皖恢9号 常规种/亲本 ⅠA 135 五色黑米 常规种/亲本 ⅠA
38 安育早1号 常规种/亲本 ⅠA 87 7NP285 常规种/亲本 ⅡA 136 五色红米 常规种/亲本 ⅠA
39 早籼2430 常规种/亲本 ⅡA 88 XH022 常规种/亲本 ⅡA 137 红香米 常规种/亲本 ⅠA
40 中籼2503 常规种/亲本 ⅠA 89 M1148 常规种/亲本 ⅡA 138 红米 常规种/亲本 ⅠA
41 天香58 常规种/亲本 ⅠA 90 粤B 常规种/亲本 ⅡA 139 红米早籼 常规种/亲本 ⅠA
42 天协13 常规种/亲本 ⅠA 91 R18选 常规种/亲本 ⅡA 140 镇籼122 常规种/亲本 ⅠA
43 晚粳22 常规种/亲本 ⅠA 92 52 常规种/亲本 ⅠB 141 4M92 常规种/亲本 ⅠA
44 宁粳3号 常规种/亲本 ⅠA 93 2428 常规种/亲本 ⅠA 142 8019 常规种/亲本 ⅠA
45 早籼788 常规种/亲本 ⅠA 94 贵9B 常规种/亲本 ⅠA 143 四丰43 常规种/亲本 ⅠA
46 川农2号 常规种/亲本 ⅠA 95 SR54 常规种/亲本 ⅡA 144 青元矮 常规种/亲本 ⅠA
47 糯稻N-2 常规种/亲本 ⅠA 96 中9B 常规种/亲本 ⅠA 145 春江06 常规种/亲本 ⅠA
48 早籼18 常规种/亲本 ⅠA 97 NLjR09 常规种/亲本 ⅠA 146 8077s 常规种/亲本 ⅠA
49 838 常规种/亲本 ⅠA 98 II-32B 常规种/亲本 ⅠA 147 HL514 常规种/亲本 ⅡA
编号
Number
品种
Variety
类型
Type
类群
Group
编号
Number
品种
Variety
类型
Type
类群
Group
编号
Number
品种
Variety
类型
Type
类群
Group
148 IR26 常规种/亲本 ⅠA 181 扬两优6号 两系杂交稻 ⅠA 214 天优华占 三系杂交稻 ⅠA
149 南粳15 常规种/亲本 ⅠA 182 丰两优1号 两系杂交稻 ⅠA 215 K优52 三系杂交稻 ⅠA
150 紫稻 常规种/亲本 ⅠA 183 广两优76 两系杂交稻 ⅠA 216 丰优126 三系杂交稻 ⅠA
151 ZH199 常规种/亲本 ⅠA 184 徽两优996 两系杂交稻 ⅠA 217 丰源优272 三系杂交稻 ⅠA
152 GP15 常规种/亲本 ⅠA 185 新两优香4 两系杂交稻 ⅠA 218 荃香优512 三系杂交稻 ⅠA
153 IR8 常规种/亲本 ⅠA 186 淮两优3号 两系杂交稻 ⅠA 219 广籼优4号 三系杂交稻 ⅠA
154 黑米 常规种/亲本 ⅠA 187 两优036 两系杂交稻 ⅡB 220 科优16 三系杂交稻 ⅠA
155 IR64 常规种/亲本 ⅡA 188 两优100 两系杂交稻 ⅠA 221 农华优808 三系杂交稻 ⅠA
156 B5 常规种/亲本 ⅠA 189 两优华6 两系杂交稻 ⅠA 222 冈优1577 三系杂交稻 ⅠA
157 五常香 常规种/亲本 ⅠA 190 广两优100 两系杂交稻 ⅠA 223 新优188 三系杂交稻 ⅠA
158 两优631 两系杂交稻 ⅠA 191 丰两优3号 两系杂交稻 ⅡA 224 金优88 三系杂交稻 ⅠA
159 广两优香66 两系杂交稻 ⅠA 192 新两优98 两系杂交稻 ⅠB 225 中优1671 三系杂交稻 ⅠA
160 Y两优1号 两系杂交稻 ⅠA 193 安两优821 两系杂交稻 ⅠA 226 协优63 三系杂交稻 ⅠA
161 Y两优9918 两系杂交稻 ⅠA 194 常两优2号 两系杂交稻 ⅠB 227 80优121 三系杂交稻 ⅠA
162 深两优865 两系杂交稻 ⅠA 195 丰两优80 两系杂交稻 ⅠA 228 Ⅲ优98 三系杂交稻 ⅠA
163 新华两优9号 两系杂交稻 ⅠA 196 中浙优8号 三系杂交稻 ⅠA 229 协优9019 三系杂交稻 ⅠA
164 华两优1206 两系杂交稻 ⅠA 197 甬优10号 三系杂交稻 ⅡA 230 协优58 三系杂交稻 ⅠA
165 C两优608 两系杂交稻 ⅠA 198 春优84 三系杂交稻 ⅡA 231 丰优293 三系杂交稻 ⅡA
166 两优363 两系杂交稻 ⅠA 199 浙优18 三系杂交稻 ⅡA 232 Ⅱ优107 三系杂交稻 ⅠA
167 丰两优晚三 两系杂交稻 ⅠA 200 钱优0508 三系杂交稻 ⅠA 233 庐优855 三系杂交稻 ⅠA
168 广两优1128 两系杂交稻 ⅠA 201 扬籼优418 三系杂交稻 ⅠA 234 怀优4号 三系杂交稻 ⅠB
169 II优98 两系杂交稻 ⅠA 202 甬优538 三系杂交稻 ⅡA 235 新隆优1 三系杂交稻 ⅠA
170 科两优889 两系杂交稻 ⅠA 203 科优8377 三系杂交稻 ⅠA 236 丰晚籼优1号 三系杂交稻 ⅠA
171 徽两优5号 两系杂交稻 ⅠA 204 川香优2号 三系杂交稻 ⅠA 237 辐优138 三系杂交稻 ⅠA
172 隆两优6号 两系杂交稻 ⅠA 205 甬优1540 三系杂交稻 ⅡA 238 天优81 三系杂交稻 ⅠA
173 丰两优9号 两系杂交稻 ⅠA 206 T优15 三系杂交稻 ⅠA 239 开优8号 三系杂交稻 ⅠA
174 II优1256 两系杂交稻 ⅠA 207 丰优9号 三系杂交稻 ⅠA 240 中2优1286 三系杂交稻 ⅠB
175 深两优862 两系杂交稻 ⅠA 208 浙糯优1号 三系杂交稻 ⅡA 241 新隆粳3号 三系杂交稻 ⅠA
176 两优6326 两系杂交稻 ⅠA 209 宜优673 三系杂交稻 ⅠA 242 Ⅱ优8号 三系杂交稻 ⅠA
177 C两优华占 两系杂交稻 ⅠA 210 天优998 三系杂交稻 ⅠA 243 辐优155 三系杂交稻 ⅠA
178 丰两优香1号 两系杂交稻 ⅠA 211 五优308 三系杂交稻 ⅠA 244 丰优512 三系杂交稻 ⅡA
179 徽两优6号 两系杂交稻 ⅠA 212 嘉禾优555 三系杂交稻 ⅡA 245 辐优136 三系杂交稻 ⅠA
180 两优688 两系杂交稻 ⅠA 213 欣荣优华占 三系杂交稻 ⅠA

表2

InDel标记位点及对应的引物序列"

序号
Number
基因座位
Gene locus
InDel位点
InDel point
性状
Character
基因
Gene
上游引物
Upstream primer (5′-3′)
下游引物
Downstream primer (5′-3′)
1 LOC_Os01g02890 vf0101045823 穗型 sui1 TCTGCCATTGACGGTTACCT TCAGTCAAAACCACCAGGGA
2 LOC_Os01g02890 vf0101045824 穗型 sui1 TCTGCCATTGACGGTTACCT TCAGTCAAAACCACCAGGGA
3 LOC_Os01g02890 vf0101046394 穗型 sui1 CCCCCAAAAAAATATTGCAAATGG CAAAGAAGGGTGGTCTGCTG
4 LOC_Os01g02890 vf0101046400 穗型 sui1 CCCCCAAAAAAATATTGCAAATGG CAAAGAAGGGTGGTCTGCTG
5 LOC_Os01g02890 vf0101046696 穗型 sui1 CGCAGGTCAAATCGTCGAAT GTGGACAACATGAAATGGTCCA
6 LOC_Os01g02890 vf0101047729 穗型 sui1 AAGGATTCCTTTTTGTTGATATGTCA AGAAGGTGCCTGAAGAAATGAATAA
7 LOC_Os01g08700 vf0104337406 抽穗期 OsGI TTCAACCAATCCGGACCTCA TTTCTCGCCTCTCCTTCCTC
8 LOC_Os01g08700 vf0104337480 抽穗期 OsGI GGAGGAGAGAGAGAGGGAGA GGAAATAGCGCGGCCACT
9 LOC_Os01g10110 vf0105274528 每穗实粒数 Gn1a; OsCKX2 ATCCTGACCTGCTCTTGCTT ATAGGCCACCTTGTCCCTTC
10 LOC_Os01g38530 vf0121638848 抽穗期、千粒重 OsEF3 CGAGCTCGCTTAAATCCTTGG TCTTTCTAGCCTTGTTTCTGCA
11 LOC_Os01g38530 vf0121641804 抽穗期、千粒重 OsEF3 CATCACCTTCCCCCTCTCC TCCTTCCTTTCCTCGACCTG
12 LOC_Os01g38530 vf0121641930 抽穗期、千粒重 OsEF3 CAGGTCGAGGAAAGGAAGGA CCTTCGCCTTCCATTCCATG
13 LOC_Os01g39630 vf0122357349 雌性不育、雄性不育 RAD51C ACTTGGGAGGTTGAGGATGG CAACGTGCCTCATCACTCTG
14 LOC_Os01g39680 vf0122381968 花粉败育 Sa; SaM;SaF GGGATTGAAGATGCGTGCAT TGGGGTAGACGGGGAGATAA
15 LOC_Os01g39680 vf0122381972 花粉败育 Sa; SaM;SaF GTCATGCTGTTGTTGCCGTA TGGGGTAGACGGGGAGATAA
16 LOC_Os01g40630 vf0122956069 株型 LOG CGTACGTAATGCAGTGGTCA ATCGCATTTGCCTTGCCTTC
17 LOC_Os01g40630 vf0122956073 株型 LOG CGTACGTAATGCAGTGGTCA ATCGCATTTGCCTTGCCTTC
18 LOC_Os01g40630 vf0122956997 株型 LOG GGCCCCAGATGCATTCAAAA AGATTGGGGGTAGGAGGAGT
19 LOC_Os01g40630 vf0122957399 株型 LOG CCAAAAGGTGGGGGAGAGA ATCATGATTGCTGGCGAGC
20 LOC_Os01g47710 vf0127287637 穗型 DWT1 TGCAAGATATATTAGAACCCTAGCT GCTGTACTAGTTAAGTGGCCC
21 LOC_Os01g62920 vf0136444446 落粒性 qSH1 TCAATCTCTCTATAGCCCGCA GCGACATGGCTTGATGATCA
22 LOC_Os01g65900 vf0138261366 株高 OsPH1 TTTGGGAGTTGCAGGTTGTG AAGGTCCTGATCGTGTGGAG
23 LOC_Os01g65900 vf0138264444 株高 OsPH1 ACGGAAATGGGAAGGAGAGG CCACTCGCTATCCCCAACC
24 LOC_Os01g65900 vf0138264465 株高 OsPH1 ACGGAAATGGGAAGGAGAGG CCACTCGCTATCCCCAACC
25 LOC_Os01g66100 vf0138384219 株高 sd1; GA20ox-2 GGAACGAACAGAAGCCGATT AGCGGTAGGGTCCAAAATTG
26 LOC_Os01g70220 vf0140362882 抽穗期 SDG714 GGGAGTAGGAGCAGAGCAAA TGCACTGCCAAACTTATGCA
27 LOC_Os01g72090 vf0141823973 抽穗期 Se13; OsHY2 CGAAGCTGACGAACTTGTGG ACACAACTACTACTTGCCACTG
28 LOC_Os01g72090 vf0141824002 抽穗期 Se13; OsHY2 CGAAGCTGACGAACTTGTGG GCAGGGACAGATGTGGCTAA
29 LOC_Os02g05840 vf0202882064 叶角度、抽穗期 LC2; OsVIL3 GTGGATCCATGGCGAATTGG GAAGAGGAGGGGAGAGTCCA
30 LOC_Os02g07430 vf0203833298 子粒形状 OsMADS29 CCAGTTCAGTAGTTCACACACC TCAATTGTTCATCGTTCTGGACA
31 LOC_Os02g10900 vf0205785307 叶色 RLS1 GGCGCCATCAGGTCTATACT TAGTTGCCTCTGTGGAAGCT
32 LOC_Os02g15950 vf0209042087 穗型 EP3; LP TGAGCATAAGAAGCTGAAAAGAAA GGAGCTGAGAGGGAAAGAGG
序号
Number
基因座位
Gene locus
InDel位点
InDel point
性状
Character
基因
Gene
上游引物
Upstream primer (5′-3′)
下游引物
Downstream primer (5′-3′)
33 LOC_Os02g15950 vf0209042088 穗型 EP3; LP TGAGCATAAGAAGCTGAAAAGAAA GGAGCTGAGAGGGAAAGAGG
34 LOC_Os02g17380 vf0209993979 育性恢复基因 Rf2; Rfx CCACAGATCGGTGAAGGACT ATGGGAGAGAGGAGGAAAGC
35 LOC_Os02g36974 vf0222330733 株高 GID2 ACTGATGAAGTCCGAGCATCA ACAGAACAAACTGGTAGGCCT
36 LOC_Os02g39710 vf0223985186 抽穗期 OsCOL4 TTCTGAGGAAGGACGTACGC TTATTCATGTCACACGGGGC
37 LOC_Os02g49230 vf0230092882 抽穗期 DTH2 GGCAAGCATGATCACTGGAG TGAGCTTCTCGCATGTTTGC
38 LOC_Os02g49230 vf0230093556 抽穗期 DTH2 GTAAATCTAGCGCGAGGTCG GTCGCGGAGTCAGAGTCG
39 LOC_Os02g50240 vf0230668947 株高、抽穗期、
子粒灌浆程度
OsGS1; GS1;OsGS1;1 ; OsGLN1;1 ; OsGS28 TAACGCAAAAGCCACGGC CGGTACTTGTCCCATCCTGT
40 LOC_Os02g50240 vf0230669103 株高、抽穗期、
子粒灌浆程度
OsGS1; GS1;OsGS1;1 ; OsGLN1;1 ; OsGS28 TACACAAGAGCACCCAAACG TGGTTGCATGCTACCACTAC
41 LOC_Os02g52710 vf0232242495 种子萌发 RAmy1A CCAGTACAATCGAACCAAGCA CCACGAAGTACTTCCTCCGT
42 LOC_Os02g53690 vf0232835334 抽穗期 OsGRF1; rhd1 AAGAAGTGGCGGAGAGGTTT GCCGTACGCCATTGATCTTT
43 LOC_Os02g56100 vf0234327302 叶色 RNRL2 AGCCATATAATTATATGAGCAAAATCCA AGACGATACTACCTCCATCCTAAAA
44 LOC_Os03g02160 vf0300718538 抽穗期 Ehd4 GAAGCAACTGTCACCCATGG TACCTGCTCAACCAATCCCC
45 LOC_Os03g07510 vf0303822183 粒型、千粒重 PGL1 TGAGAAGGAGAAGGAGCACG CCGTGAAATTCCGGTGGATT
46 LOC_Os03g07530 vf0303833269 每穗粒数、子粒大小 OsFBK12 GGGGCAGAAGCATTAGAAGC CGAGAAAAATCCCCACCACC
47 LOC_Os03g12660 vf0306742028 叶角度 OsDWARF4; CYP90B2 GAAGGTCATCAAGGACGTGC TAACACCGGCAGGATCTTCC
48 LOC_Os03g13370 vf0307210547 株高、穗长、
子粒大小
OsAPC6 CAACCGTGCATCCTACCAAG GGTGCAGAGGTAGCAGATGT
49 LOC_Os03g22510 vf0312928893 株高 OsSIN CTAGTCCGGCCGTACATGAA AGTTTCTTGTGTGACGCGTG
50 LOC_Os03g44500 vf0325040498 粒型 qGL3 TCAATTCGGAGCCAAACAAGA GGTGGCGAATGGAGTTTGAT
51 LOC_Os03g57940 vf0332993034 抽穗期 CKI; EL1; Hd16 ATCGGGTGATGGAGATGCTC CTGAGGCATTCATCGCCATC
52 LOC_Os04g46470 vf0427385522 株高 OsCCD7; htd1; sd-t; dit1 CCATGATCTTAACCCATTCGACA TGGCTCGCATTAAGTGATGC
53 LOC_Os04g52479 vf0431018471 叶型